sfetch - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

sfetch - รับลำดับจากฐานข้อมูล flatfile

เรื่องย่อ

ดึง [ตัวเลือก] ชื่อตอน

DESCRIPTION

ดึง เรียกลำดับที่ชื่อ ชื่อตอน จากฐานข้อมูลลำดับ

ฐานข้อมูลใดที่ใช้ถูกควบคุมโดย -d และ -D ตัวเลือกหรือ "ฐานข้อมูลน้อย" และ
"ฐานข้อมูลขนาดใหญ่". ตำแหน่งไดเร็กทอรีของ "ฐานข้อมูลขนาดใหญ่" สามารถระบุได้โดย
ตัวแปรสภาพแวดล้อม เช่น $SWDIR สำหรับ Swissprot และ $GBDIR สำหรับ Genbank (ดู -D เป็นเวลา
รายการทั้งหมด) ต้องระบุเส้นทางไฟล์ที่สมบูรณ์สำหรับ "ฐานข้อมูลน้อย" โดย
ค่าเริ่มต้น หากไม่มีการระบุตัวเลือกและชื่อดูเหมือน Swissprot identifier
(เช่นมีอักขระ _) ตัวแปรสภาพแวดล้อม $SWDIR ใช้เพื่อพยายาม
ดึงลำดับ ชื่อตอน จาก Swissprot

มีตัวเลือกอื่น ๆ มากมายที่อนุญาตให้ดึงข้อมูลลำดับย่อย (-f,-t);
ดึงข้อมูลด้วยหมายเลขภาคยานุวัติแทนชื่อ (-a); การจัดรูปแบบลำดับที่แยกออกมาใหม่
ในรูปแบบอื่นๆ ที่หลากหลาย (-F); ฯลฯ

หากฐานข้อมูลได้รับการจัดทำดัชนี SSI การดึงข้อมูลลำดับจะมีประสิทธิภาพมาก
มิฉะนั้น การดึงข้อมูลอาจช้าอย่างเจ็บปวด (ฐานข้อมูลทั้งหมดอาจต้องอ่านในหน่วยความจำ
การค้นหา ชื่อตอน). แนะนำให้ใช้ดัชนี SSI สำหรับฐานข้อมูลขนาดใหญ่หรือถาวรทั้งหมด NS
โครงการ ซินเด็กซ์ สร้างดัชนี SSI สำหรับไฟล์ลำดับใดๆ

ดึง เดิมชื่อ เก็ตซีค, และถูกเปลี่ยนชื่อเพราะขัดแย้งกับโปรแกรม GCG
ชื่อเดียวกัน

OPTIONS

-a ล่าม ชื่อตอน เป็นหมายเลขภาคยานุวัติ ไม่ใช่ตัวระบุ

-d
ดึงลำดับจากไฟล์ลำดับที่ชื่อ . ถ้าดัชนี GSI
.gsi ที่มีอยู่ มันถูกใช้เพื่อเร่งการดึงข้อมูล

-f
แยกส่วนย่อยเริ่มต้นจากตำแหน่ง , มากกว่าจาก 1. See t-
If มีค่ามากกว่า (ตามที่ .กำหนด -t ตัวเลือก) จากนั้นลำดับ
ถูกสกัดเป็นส่วนประกอบย้อนกลับ (สันนิษฐานว่าเป็นลำดับกรดนิวคลีอิก)

-h พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ รวมหมายเลขเวอร์ชันและบทสรุปของตัวเลือกทั้งหมด รวมทั้ง
ตัวเลือกผู้เชี่ยวชาญ

-o
กำหนดเอาต์พุตไปยังไฟล์ชื่อ . โดยค่าเริ่มต้น ผลลัพธ์จะไปที่
มาตรฐาน

-r
เปลี่ยนชื่อลำดับ ในการส่งออกหลังจากการสกัด โดยค่าเริ่มต้น the
ตัวระบุลำดับดั้งเดิมจะยังคงอยู่ มีประโยชน์ เช่น ถ้ากำลังดึงข้อมูล
ส่วนย่อยของลำดับ; พิกัดของชิ้นส่วนอาจถูกเพิ่มเข้าไปในชื่อ
(นี่คือสิ่งที่ Pfam ทำ)

-t
แยกส่วนย่อยที่สิ้นสุดที่ตำแหน่ง , มากกว่าในตอนท้ายของ
ลำดับ. ดู -NS. If น้อยกว่า (ตามที่ .กำหนด -f ตัวเลือก),
จากนั้นลำดับจะถูกแยกออกมาเป็นส่วนเสริมแบบย้อนกลับ (ถือว่าเป็น
ลำดับกรดนิวคลีอิก)

-D
ดึงข้อมูลลำดับจากฐานข้อมูลลำดับหลักที่เข้ารหัส . สำหรับ แต่ละ
รหัส, มี is an สิ่งแวดล้อม ตัวแปรที่ระบุพาธไดเร็กทอรีไปยัง that
ฐานข้อมูล รหัสที่รับรู้และตัวแปรสภาพแวดล้อมที่สอดคล้องกันคือ -ดว
(สวิสโปรต์, $SWDIR); -ดีพีร์ (พีอาร์, $PIRDIR); - เด็ม (EMBL, $EMBLDIR); -Dgb (เกนแบงค์
$GBDIR); -ป (ตัวหนอน, $WORMDIR); และ -ดาว (นกฮูก, $OWLDIR). อ่านแต่ละฐานข้อมูล
ในรูปแบบไฟล์ดั้งเดิม

-F
ฟอร์แมตลำดับที่แยกออกมาใหม่เป็นรูปแบบอื่น (โดยค่าเริ่มต้น ลำดับ
แยกจากฐานข้อมูลในรูปแบบเดียวกับฐานข้อมูล) Available
รูปแบบคือ สัญลักษณ์ ฟาสต้า, เก็นแบงค์, จีซีจี, สไตรเดอร์, ซูเกอร์, ไอจี พีร์, ปลาหมึก, และ ดิบ.

EXPERT OPTIONS

--ข้อมูล
ระบุว่าไฟล์ลำดับอยู่ในรูปแบบ , แทนที่จะเป็นค่าเริ่มต้น FASTA
รูปแบบ. ตัวอย่างทั่วไป ได้แก่ Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
หรือฟิลลิป; ดูเอกสารที่พิมพ์สำหรับรายการรูปแบบที่ยอมรับทั้งหมด
ชื่อ. ตัวเลือกนี้จะแทนที่รูปแบบเริ่มต้น (FASTA) และ -B บาเบลฟิช
ตัวเลือกการตรวจจับอัตโนมัติ

ใช้ sfetch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net