นี่คือคำสั่ง STAR ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
STAR - เครื่องมือจัดตำแหน่ง RNA-seq สากลที่รวดเร็วเป็นพิเศษ
DESCRIPTION
Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) ซอฟต์แวร์ที่ใช้ก่อนหน้านี้
อัลกอริธึมการจัดตำแหน่ง RNA-seq ที่ไม่ได้อธิบายซึ่งใช้การค้นหาเมล็ดพันธุ์ที่แมปสูงสุดตามลำดับ
ในอาร์เรย์ต่อท้ายที่ไม่บีบอัด ตามด้วยการจัดกลุ่มเมล็ดพันธุ์และขั้นตอนการเย็บ ดาว
มีประสิทธิภาพเหนือกว่าตัวจัดแนวอื่น ๆ ด้วยความเร็ว >50 ในการจัดตำแหน่งโดยปรับให้เข้ากับตัวคน
จีโนม 550 ล้าน 2 × 76 bp paired-end อ่านต่อชั่วโมงบนเซิร์ฟเวอร์ 12-core เจียมเนื้อเจียมตัวในขณะที่
ในขณะเดียวกันก็ปรับปรุงความไวและความแม่นยำในการจัดตำแหน่ง นอกจาก de . ที่เป็นกลางแล้ว
การตรวจจับ novo ของจุดเชื่อมต่อตามรูปแบบบัญญัติ STAR สามารถค้นพบ splices ที่ไม่ใช่ Canonical และ
การถอดเสียงแบบคิเมริก (ฟิวชั่น) และยังสามารถจับคู่ลำดับ RNA แบบเต็มความยาวได้อีกด้วย
การใช้การจัดลำดับ Roche 454 ของแอมพลิคอนปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสการถอดรหัสย้อนกลับ
ผู้เขียนได้ทดลองตรวจสอบรอยต่อรอยต่อระหว่างยีนปี 1960 ใหม่ที่มี 80-90%
อัตราความสำเร็จ ยืนยันความแม่นยำสูงของกลยุทธ์การทำแผนที่ STAR
เรื่องย่อ
STAR --option1-ชื่อ option1-value(s)--option2-ชื่อ ตัวเลือก2 ค่า ...
ใช้ STAR ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net