subjunc - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

subjunc - ตัวจัดแนว RNA-seq เหมาะสำหรับทุกวัตถุประสงค์ของการวิเคราะห์ RNA-seq

การใช้

ย่อย [ตัวเลือก] -i -r -o

อาร์กิวเมนต์ที่จำเป็น:

-i
ชื่อฐานของดัชนี

-r
ชื่อของไฟล์อินพุต รูปแบบอินพุตรวมถึง gzipped fastq, fastq และ fasta can
จะถูกตรวจจับโดยอัตโนมัติ ถ้า pair-end นี่ควรให้ชื่อ file
รวมทั้งการอ่านครั้งแรก

อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:

-o
ชื่อของไฟล์ที่ส่งออก โดยค่าเริ่มต้น ผลลัพธ์จะอยู่ในรูปแบบ BAM

-n
จำนวนการอ่านย่อยที่เลือก 14 โดยค่าเริ่มต้น

-m
เกณฑ์ฉันทามติสำหรับการรายงาน Hit (จำนวนการอ่านย่อยขั้นต่ำที่แมปใน
ฉันทามติ). หากใช้คู่จบ สิ่งนี้จะให้เกณฑ์ฉันทามติสำหรับการอ่านสมอ
1 โดยค่าเริ่มต้น

-M
ระบุจำนวนสูงสุดของฐานที่ไม่ตรงกันที่อนุญาตในการจัดตำแหน่ง 3 โดย
ค่าเริ่มต้น. การจับคู่ที่ไม่ตรงกันที่พบในฐานซอฟต์คลิปจะไม่ถูกนับ

-T
จำนวนเธรด CPU ที่ใช้ 1 โดยค่าเริ่มต้น

-I
ความยาวสูงสุด (เป็น bp) ของอินเดลที่สามารถตรวจพบได้ 5 โดยค่าเริ่มต้น โปรแกรม
สามารถตรวจจับอินเดลได้ยาวถึง 200bp

-B
จำนวนสูงสุดของตำแหน่งแผนที่ที่ดีที่สุดเท่าๆ กันที่จะรายงาน 1 โดยค่าเริ่มต้น บันทึก
ที่ -u ตัวเลือกมีความสำคัญมากกว่า -B.

-P <3:6>
รูปแบบของคะแนน Phred ที่ใช้ในไฟล์อินพุต '3' สำหรับ phred+33 และ '6' สำหรับ phred+64
'3' โดยค่าเริ่มต้น

-u รายงานแมปที่ไม่ซ้ำแบบอ่านอย่างเดียว จำนวนของฐานที่ไม่ตรงกันถูกใช้เพื่อทำลาย
ผูก.

-b แปลงฐานการอ่านพื้นที่สีเป็นฐานอ่านพื้นที่ฐานในเอาต์พุตการแมป บันทึก
ที่ทำแผนที่อ่านจะดำเนินการที่ปริภูมิสี

--สมินพุต
การอ่านอินพุตอยู่ในรูปแบบ SAM

--BAMinput
การอ่านอินพุตอยู่ในรูปแบบ BAM

--SAMOutput
บันทึกผลการแมปในรูปแบบ SAM

--trim5
ตัดออก จำนวนฐานจากจุดสิ้นสุด 5' ของการอ่านแต่ละครั้ง 0 โดยค่าเริ่มต้น

--trim3
ตัดออก จำนวนฐานจากจุดสิ้นสุด 3' ของการอ่านแต่ละครั้ง 0 โดยค่าเริ่มต้น

--rg-id
เพิ่มรหัสกลุ่มการอ่านไปยังเอาต์พุต

--rg
เพิ่ม ไปยังส่วนหัวกลุ่มการอ่าน (RG) ในเอาต์พุต

--DPGapOpen บทลงโทษสำหรับการเปิดช่องว่างในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น -1 by
ค่าเริ่มต้น.

--DPGapExt
บทลงโทษสำหรับการขยายช่องว่างในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น 0 โดยค่าเริ่มต้น

--DPMไม่ตรงกัน บทลงโทษสำหรับการไม่ตรงกันในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น 0 โดย
ค่าเริ่มต้น.

--DPMatch
คะแนนสำหรับฐานที่ตรงกันในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น 2 โดยค่าเริ่มต้น

--alljunctions
ตรวจจับทางแยก exon-exon (ทั้งทางแยกแบบบัญญัติและแบบที่ไม่ใช่แบบบัญญัติ) และ
ตัวแปรโครงสร้างในข้อมูล RNA-seq อ้างถึงคู่มือผู้ใช้สำหรับการรายงานของ
ทางแยกและฟิวชั่น

--Indels ที่ซับซ้อน
ตรวจจับอินเดลสั้นหลายตัวที่เกิดขึ้นพร้อมกันในบริเวณจีโนมขนาดเล็ก
(อินเดลเหล่านี้อาจอยู่ใกล้กันถึง 1bp)

-v เวอร์ชันเอาต์พุตของโปรแกรม

อาร์กิวเมนต์ที่เป็นตัวเลือกสำหรับการอ่านแบบคู่:

-R
ชื่อของไฟล์รวมทั้งการอ่านครั้งที่สอง

-p
เกณฑ์ฉันทามติสำหรับการไม่อ่านสมอ (ได้รับคะแนนเสียงน้อยกว่าสมอ
อ่านจากคู่เดียวกัน) 1 โดยค่าเริ่มต้น

-d
ความยาวส่วนย่อย/ส่วนแทรกขั้นต่ำ 50bp โดยค่าเริ่มต้น

-D
ความยาวส่วนย่อย/แทรกสูงสุด 600bp โดยค่าเริ่มต้น

-S
การวางแนวของการอ่านครั้งแรกและครั้งที่สอง 'fr' โดยค่าเริ่มต้น ( ไปข้างหน้า/ย้อนกลับ)

โปรดดูคู่มือผู้ใช้สำหรับคำอธิบายโดยละเอียดเกี่ยวกับอาร์กิวเมนต์

ใช้ subjunc ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net