นี่คือแอป Linux ชื่อ CIMS ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น CIMS.v1.0.5.tgz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ CIMS พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
ซีไอเอ็มเอส
DESCRIPTION
แพ็คเกจนี้รวมสคริปต์เพื่อตรวจหาไซต์การกลายพันธุ์ที่เหนี่ยวนำให้เกิดการเชื่อมโยงข้ามที่ทำซ้ำได้ทางสถิติ (CIMS) และไซต์การตัดทอนที่เหนี่ยวนำให้เกิดการเชื่อมโยงข้าม (CITS) จากข้อมูล HITS-CLIP
อ้างอิง:
Moore, M.*, Zhang, C.*, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. การทำแผนที่ Argonaute และปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนที่จับกับ RNA แบบธรรมดากับ RNA ที่ความละเอียด single-nucleotide โดยใช้ HITS-CLIP และการวิเคราะห์ CIMS แนท โปรโตคอล, 9:263-293.
Zhang, C.†, Darnell, RB† 2011. การทำแผนที่ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับอาร์เอ็นเอในร่างกายที่ความละเอียดเดี่ยวของนิวคลีโอไทด์จากข้อมูล HITS-CLIP แนท. ไบโอเทค 29:607-614.
คุณสมบัติ
- การทำแผนที่ดิบ CLIP อ่านไปยังจีโนมอ้างอิง (โดยใช้ novoalign)
- การยุบ PCR ซ้ำกับรุ่นต่างๆ ขึ้นอยู่กับการมีอยู่ของบาร์โค้ดแบบสุ่ม
- แท็ก CLIP ของคลัสเตอร์เพื่อระบุคลัสเตอร์และกำหนดความสูงสูงสุด
- การติดตามการกลายพันธุ์ (การแทรก การลบ และการแทนที่) ในแท็ก CLIP ที่ไม่ซ้ำกัน
- การระบุไซต์การกลายพันธุ์ที่เหนี่ยวนำให้เกิดการเชื่อมโยงข้ามที่มีประสิทธิภาพ (CIMS)
- การระบุไซต์การตัดทอนที่เกิดจากการเชื่อมโยงข้ามที่มีประสิทธิภาพ (CITS) จาก BrdU-CLIP, iCLIP หรือรูปแบบอื่นที่คล้ายคลึงกัน
ผู้ชม
ผู้ใช้ขั้นสูง
ส่วนติดต่อผู้ใช้
บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
Perl
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
