นี่คือแอป Linux ชื่อ gsasnp2 เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ gsasnp2 เพื่อเรียกใช้ใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
gsasnp2 เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
DESCRIPTION
* GSA-SNP2 เป็นตัวตายตัวแทนของ GSA-SNP (Nam et al. 2010, ปัญหาเว็บเซิร์ฟเวอร์ NAR) GSA-SNP2 ยอมรับข้อมูลสรุป GWAS ของมนุษย์ (ตัวเลข rs, ค่า p) หรือค่า p ที่ชาญฉลาดของยีน และเอาต์พุตของยีนชุดเส้นทาง 'เสริม' ด้วยยีนที่เกี่ยวข้องกับฟีโนไทป์ที่กำหนด นอกจากนี้ยังจัดให้มีเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนทั้งในระดับท้องถิ่นและระดับโลกในวิถีทางที่เกี่ยวข้อง* บทความ: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "การปรับปรุงเส้นทางอย่างมีประสิทธิภาพและการวิเคราะห์เครือข่ายของข้อมูลสรุป GWAS โดยใช้ GSA-SNP2", การวิจัยกรดนิวคลีอิก, ฉบับที่. 46(10), e60(2018).
* รหัส PubMed: 29562348
* ดอย: 10.1093/nar/gky175
-> โปรดย้ายหรือทำสำเนาโฟลเดอร์ 'ข้อมูล' ลงในโฟลเดอร์การทดสอบที่เข้มข้นของคุณ (เช่น โฟลเดอร์ที่ระบุของ LINUX, MAC หรือ WINDOWS) เพื่ออนุญาตให้โปรแกรมค้นหาข้อมูลที่กำหนดไว้ล่วงหน้า
* อัปเดตหมายเหตุ:
-> ส.ค.-7-2019: เพิ่มการอัปเดตสำหรับ Ubuntu-19.04 คุณจะต้องติดตั้งไลบรารี Boost (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> มี.ค.-7-2018: แก้ไขเงื่อนไขส่วนหัวในไฟล์เอาต์พุต
คุณสมบัติ
- 1/ 'การควบคุมข้อผิดพลาดประเภทที่ XNUMX' ทำได้โดยสองกระบวนการต่อไปนี้: A) คะแนนของยีน 'ถูกปรับ' ตามจำนวนของ SNP ที่กำหนดให้กับแต่ละยีนโดยใช้เส้นโค้งแนวโน้มเส้นโค้งลูกบาศก์โมโนโทน B) ยีนที่อยู่ติดกันซึ่งมีความสัมพันธ์ระหว่างยีนสูงภายในแต่ละวิถีจะถูกลบออก
- 2/ 'พลังสูงและการคำนวณที่รวดเร็ว' ตามโมเดลชุดสุ่ม
- 3/ 'ไม่มีพารามิเตอร์ที่สำคัญฟรี'
- 4/ 'PROTEIN INTERACTION NETWORKS' ในบรรดายีนของสมาชิกได้รับการมองเห็นสำหรับเส้นทางที่สำคัญ ฟังก์ชันนี้ช่วยให้ผู้ใช้จัดลำดับความสำคัญของเครือข่ายย่อยหลักภายในและข้ามเส้นทางที่สำคัญได้ ปัจจุบันมีเครือข่าย STRING และ HIPPIE ให้
- 5 / 'ใช้งานง่าย': ต้องการเพียงข้อมูลสรุปของ GWAS (หรือค่ายีน p) และใช้เวลาเพียงหนึ่งหรือสองนาทีเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ เครื่องมือพาธเวย์ในตัวที่ทรงพลังอื่นๆ นั้นต้องการอินพุตสหสัมพันธ์ SNP เช่นกัน และใช้เวลานานกว่ามาก ผู้ใช้ยังสามารถอัปโหลดชุดยีนเส้นทางและเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนได้อีกด้วย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
Win32 (MS Windows), บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
C++, PHP, จาวาสคริปต์
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
