āļāļĩāđāļāļ·āļāđāļāļ Linux āļāļ·āđāļ IPGWAS āļāļķāđāļāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāļāļēāļ§āļāđāđāļŦāļĨāļāļĢāļĩāļĨāļĩāļŠāļĨāđāļēāļŠāļļāļāđāļāđāļ ipgwas3.0.5.tar.gz āļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāļāļāļāđāļĨāļāđāđāļ OnWorks āļāļđāđāđāļŦāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢāđāļŪāļŠāļāđāļāļĢāļĩāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāđāļ§āļīāļĢāđāļāļŠāđāļāļāļąāļ
āļāļēāļ§āļāđāđāļŦāļĨāļāđāļĨāļ°āđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāđāļāļāļāļĩāđāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļ·āđāļ IPGWAS āļāļĢāđāļāļĄ OnWorks āļāļĢāļĩ
āļāļģāļāļēāļĄāļāļģāđāļāļ°āļāļģāđāļŦāļĨāđāļēāļāļĩāđāđāļāļ·āđāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāđāļāļāļāļĩāđ:
- 1. āļāļēāļ§āļāđāđāļŦāļĨāļāđāļāļāļāļĨāļīāđāļāļāļąāđāļāļāļĩāđāđāļāļāļĩāļāļĩāļāļāļāļāļļāļ
- 2. āđāļāđāļēāđāļāļāļĩāđ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āļāđāļ§āļĒāļāļ·āđāļāļāļđāđāđāļāđāļāļĩāđāļāļļāļāļāđāļāļāļāļēāļĢ
- 3. āļāļąāļāđāļŦāļĨāļāđāļāļāļāļĨāļīāđāļāļāļąāļāļāļĩāđāđāļāļāļąāļ§āļāļąāļāļāļēāļĢāđāļāļĨāđāļāļąāļāļāļĨāđāļēāļ§
- 4. āđāļĢāļīāđāļĄāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ OnWorks Linux āļŦāļĢāļ·āļ Windows āļāļāļāđāļĨāļāđ āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđ MACOS āļāļēāļāđāļ§āđāļāđāļāļāđāļāļĩāđ
- 5. āļāļēāļ OnWorks Linux OS āļāļļāļāđāļāļīāđāļāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļ āđāļāļāļĩāđāļāļąāļ§āļāļąāļāļāļēāļĢāđāļāļĨāđāļāļāļāđāļĢāļē https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āļāļĢāđāļāļĄāļāļ·āđāļāļāļđāđāđāļāđāļāļĩāđāļāļļāļāļāđāļāļāļāļēāļĢ
- 6. āļāļēāļ§āļāđāđāļŦāļĨāļāđāļāļāļāļĨāļīāđāļāļāļąāđāļ āļāļīāļāļāļąāđāļ āđāļĨāļ°āđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđ
āļ āļēāļāļŦāļāđāļēāļāļ
Ad
IPGWAS
DESCRIPTION
āđāļāļāđāđāļĨāļāđāđāļāļāļāļđāļĢāļāļēāļāļēāļĢāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļĻāļķāļāļĐāļēāļŠāļĄāļēāļāļĄāļāļĩāđāļāļĄāļāļąāđāļ§āđ āđāļāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļī
- āļāļēāļĢāļĻāļķāļāļĐāļēāļāļēāļĢāđāļāļ·āđāļāļĄāđāļĒāļāļāļąāđāļ§āļāļąāđāļāļāļĩāđāļāļĄ (GWAS)
- āļāļēāļĢāļāļ§āļāļāļļāļĄāļāļļāļāļ āļēāļ (qc)
- āļāļĨāđāļāļāđāļĄāļāļŪāļąāļāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļĨāđāļāļ QQ
- āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļāđāļāļ§āđāļāđāļĄ Cochran-Armitage, āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļāļāļ§āļēāļĄāļŠāļąāļĄāļāļąāļāļāđ
- āļĢāļ§āļĄāļāļļāļāļāđāļāļĄāļđāļĨ GWAS āđāļĒāļāļāđāļāļĄāļđāļĨ GWAS āđāļāļĒāđāļāļĢāđāļĄāđāļāļĄ
- āđāļāļĨāļāđāļāļŠāđāļāļ§āļĢāđāđāļāļēāļāđāļāļļāļ EIGENSTRAT āđāļāđāļāļāđāļē p
- āđāļāļĨāļāđāļāļēāļāđāļāļļāļāļāļēāļĢāļāđāļāļ MACH āđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļ PED/MAP āđāļĨāļ°āļĢāļđāļāđāļāļ SNPTEST
- āđāļāļĨāļāđāļāļĨāđ PED/MAP āđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļāļāļīāļāļāļļāļāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļāļ PHASE āđāļĨāļ° BEAGLE
- āđāļāļĨāļāđāļāļĨāđ PLINK āđāļĨāļ° SNPTEST āđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļ GWAMA
- āđāļāļĢāļ·āđāļāļāļāļģāļāļ§āļ P-Value (āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļ Chi-square, āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļāđāļāļ§āđāļāđāļĄ Cochran-Armitage āđāļĨāļ°āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļāļāļĩāđāđāļāđāļāļāļāļāļāļ Fisher)
- āđāļāļĨāļĩāđāļĒāļāļŠāļāļēāļāļ°āļāļ§āļēāļĄāļĢāļąāļāļāļāļāļāđāļāļĄāļđāļĨ GWAS
- āļāļĢāļāļāļŦāļąāļ§āđāļĢāļ·āđāļāļāļāļāļāļāđāļāļĄāļđāļĨ GWAS āļāļēāļĄāļŠāļāļēāļāļ°āļāļ§āļēāļĄāļĢāļąāļ (āļāļĢāļāļĩ/āļāļĨāļļāđāļĄāļāļ§āļāļāļļāļĄ) āđāļĨāļ°/āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĻ (āļāļēāļĒ/āļŦāļāļīāļ)
- GUI āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļ PLINK, āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļāļāļąāļāļĢāļēāļŠāđāļ§āļ SNP
- āļāļĢāļāļ SNPs āļāļĩāđāļŠāļģāļāļąāļāļāļāļāļāļīāļāđāļāļīāļĨāļāļąāļ
- eigPlot (āļāļĨāđāļāļāļāļĨāļĨāļąāļāļāđ eigenstrat)
- āđāļāļĨāļāđāļāļĨāđ PED/MAP āđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļāļāļīāļāļāļļāļāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļāļ MACH āđāļĨāļ° IMPUTE2
- āđāļāļĨāļāđāļāļēāļāđāļāļļāļāļāļīāļĄāļāļīāļāļąāļ IMPUTE2 āđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļ TPED/TFAM (PLINK)
āļāļĩāđāļāļ·āļāđāļāļāļāļĨāļīāđāļāļāļąāļāļāļĩāđāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāļāļķāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāļāļēāļ https://sourceforge.net/projects/ipgwas/ āļĄāļĩāļāļēāļĢāđāļŪāļŠāļāđāđāļ OnWorks āđāļāļ·āđāļāđāļŦāđāļāļģāļāļēāļāļāļāļāđāļĨāļāđāđāļāļ§āļīāļāļĩāļāļĩāđāļāđāļēāļĒāļāļĩāđāļŠāļļāļāļāļēāļāļŦāļāļķāđāļāđāļāļĢāļ°āļāļāļāļāļīāļāļąāļāļīāļāļēāļĢāļāļĢāļĩāļāļāļāđāļĢāļē