นี่คือแอปลินุกซ์ชื่อ MCPerm: Monte Carlo SNP การเปลี่ยนลำดับให้ทำงานใน Linux ออนไลน์ ซึ่งรีลีสล่าสุดสามารถดาวน์โหลดเป็น MPerm_1.1.2.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ทางออนไลน์ที่ชื่อ MPerm: Monte Carlo SNP การเปลี่ยนลำดับเพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
MPerm: การเรียงสับเปลี่ยน Monte Carlo SNP เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
Ad
DESCRIPTION
MPerm: วิธีการเรียงสับเปลี่ยนมอนติคาร์โลสำหรับสหสัมพันธ์การทดสอบหลายรายการในการศึกษาความสัมพันธ์แบบควบคุมกรณีศึกษาการทดสอบการเรียงสับเปลี่ยนแบบดั้งเดิม (TradPerm) เป็นวิธีการวิเคราะห์แบบไม่อิงพารามิเตอร์ที่สำคัญ ซึ่งสามารถถือเป็นมาตรฐานทองคำสำหรับการแก้ไขการทดสอบหลายรายการในการศึกษาความสัมพันธ์แบบควบคุมกรณีและปัญหา อย่างไรก็ตาม มันอาศัยข้อมูลจีโนไทป์และฟีโนไทป์ของ single nucleotide polymorphism (SNP) ดั้งเดิมเพื่อทำการสุ่มแบบสุ่มจำนวนมาก ดังนั้นจึงต้องใช้การคำนวณอย่างเข้มข้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ของทั้งจีโนม (GWAS) เพื่อปรับปรุงความเร็วในการคำนวณโดยไม่เปลี่ยนขนาดของค่า p-value ของ TradPerm เราได้พัฒนาวิธี Monte Carlo permutation (MCPerm) เพื่อเป็นทางเลือกที่มีประสิทธิภาพสำหรับ TradPerm
วิธีการ: MPerm ไม่จำเป็นต้องสับเปลี่ยนข้อมูลจีโนไทป์และฟีโนไทป์ดั้งเดิม มันใช้วิธีมอนติคาร์โล ใช้การแจกแจงแบบไฮเปอร์จีโอเมตริกสองขั้นตอนเพื่อสร้างจำนวนสุ่มของจีโนไทป์ (AA, Aa และ aa) ในกรณีและส่วนควบคุม
ภาษาโปรแกรม
S / R
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/mcperm/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
