MITP ที่จะทำงานใน Linux ดาวน์โหลดออนไลน์สำหรับ Linux

นี่คือแอป Linux ชื่อ MITP เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้เป็น MITP-1.1.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน

ภาพหน้าจอ

MITP เพื่อรันบน Linux ออนไลน์

DESCRIPTION

miRNA เป็น RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัสขนาดเล็กที่รู้จักกันอย่างแพร่หลาย ซึ่งสามารถไกล่เกลี่ยการควบคุมยีนของกระบวนการทางชีววิทยาที่สำคัญที่สุดในพืชและสัตว์ ดังนั้นการระบุการอนุรักษ์และ miRNA ที่แปลกใหม่และยีนเป้าหมายของพวกมันในแบบจำลองและสปีชีส์ที่มีลำดับใหม่จึงเป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ MITP ได้รับการออกแบบมาเพื่อระบุ miRNA อย่างง่ายดายและเร็วขึ้นโดยอิงจากผลการแมปลำดับจากซอฟต์แวร์การทำแผนที่ใดๆ ที่สร้างผลลัพธ์รูปแบบ SAM, ผลลัพธ์แบบ Blast (ผลลัพธ์เอาต์พุตเริ่มต้น) หรือผลลัพธ์แบบ blat (ผลลัพธ์เอาต์พุตเริ่มต้น) โปรแกรมจัดเตรียม step praramter (8 ขั้นตอน) ซึ่งสามารถอนุญาตให้รันโปรแกรมจากขั้นตอนใดก็ได้และสิ้นสุดขั้นตอนที่เหลือทั้งหมด คุณยังสามารถเรียกใช้ทีละขั้นตอนโดยใช้แต่ละโปรแกรมขั้นตอน โปรดเรียกใช้โปรแกรมขั้นตอนเหล่านี้ในไดเร็กทอรีเดียวกันเพื่อเรียกใช้โปรแกรมหลัก MITP.pl บางขั้นตอนเป็นทางเลือก (อ่านตัวกรอง นิพจน์ คลาส miRNA และเป้าหมาย) เมื่อคุณเลือกพารามิเตอร์ที่เกี่ยวข้องซึ่งเป็นของขั้นตอนทางเลือกเหล่านี้ โปรแกรมจะรันขั้นตอนเหล่านี้ มิฉะนั้น จะข้ามขั้นตอนเหล่านี้

คุณสมบัติ

• ระบุการอนุรักษ์ miRNA ตามผลลัพธ์ BLAST ระหว่าง miRNA ที่รู้จักและลำดับจีโนม
• ระบุ miRNA ใหม่ตามผลการจัดตำแหน่งในเอาต์พุต BLAST เริ่มต้น เอาต์พุต BLAT หรือไฟล์รูปแบบ SAM
• ระบุภูมิภาค RNA ขนาดเล็ก
• ทำนายยีนเป้าหมาย miRNA
• เปรียบเทียบ miRNA ในสปีชีส์ต่างๆ

ผู้ชม

วิทยาศาสตร์/การวิจัย

ภาษาโปรแกรม

Perl

นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/mitp/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา