นี่คือแอป Linux ชื่อ OpenFold ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดเป็น OpenFoldv1.0.1.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ได้ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ทางออนไลน์ชื่อ OpenFold พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
เปิดพับ
DESCRIPTION
OpenFold ทำซ้ำ (เกือบ) คุณลักษณะทั้งหมดของรหัสอนุมานโอเพ่นซอร์สดั้งเดิม (v2.0.1) อย่างระมัดระวัง ข้อยกเว้นประการเดียวคือการประกอบโมเดล ซึ่งทำได้ไม่ดีนักในการทดสอบการระเหยของ DeepMind และกำลังถูกยุติในการทดลอง DeepMind ในอนาคต มันถูกละไว้ที่นี่เพื่อลดความยุ่งเหยิง ในกรณีที่กระดาษ Nature แตกต่างจากแหล่งที่มา เราจะอ้างอิงจากแหล่งที่มาเสมอ OpenFold สามารถฝึกได้ด้วยความแม่นยำเต็มที่ ความแม่นยำครึ่งหนึ่ง หรือ bfloat16 โดยมีหรือไม่มี DeepSpeed และเราได้ฝึกฝนตั้งแต่เริ่มต้น เพื่อให้สอดคล้องกับประสิทธิภาพของต้นฉบับ เราเผยแพร่น้ำหนักแบบจำลองและข้อมูลการฝึกอบรมของเราสู่สาธารณะ — ไฟล์ Hit เทมเพลต MSA และ PDB400,000 จำนวน 70 ไฟล์ — ภายใต้ใบอนุญาตที่ได้รับอนุญาต น้ำหนักโมเดลมีให้ใช้งานผ่านสคริปต์ในพื้นที่เก็บข้อมูลนี้ ในขณะที่ MSA โฮสต์โดย Registry of Open Data บน AWS (RODA)
คุณสมบัติ
- อนุมานเร็วขึ้นบน GPU บางครั้งอาจมากถึง 2 เท่า
- การอนุมานเกี่ยวกับห่วงโซ่ที่ยาวมาก ซึ่งเกิดขึ้นได้จากการใช้ความสนใจในหน่วยความจำต่ำของเรา
- เคอร์เนลความสนใจ CUDA แบบกำหนดเองที่ดัดแปลงจากเคอร์เนลของ FastFold รองรับความสนใจแบบแทนที่ระหว่างการอนุมานและการฝึกอบรม
- สคริปต์การจัดตำแหน่งที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ไปป์ไลน์ AlphaFold HHblits/JackHMMER หรือของ ColabFold
- การสนับสนุน FlashAttention เร่งความสนใจของ MSA อย่างมาก
- OpenFold ยังรองรับการอนุมานโดยใช้พารามิเตอร์อย่างเป็นทางการของ AlphaFold
ภาษาโปรแกรม
หลาม
หมวดหมู่
นี่เป็นแอปพลิเคชันที่สามารถเรียกได้จาก https://sourceforge.net/projects/openfold.mirror/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ด้วยวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
