นี่คือแอป Linux ชื่อ PASHA: Parallelized Short Read Assembly ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น Pasha-1.0.10.tar.bz2 สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ PASHA: Parallelized Short Read Assembly พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
PAHA: ชุดอ่านสั้นแบบขนาน
รายละเอียด:
PAHA เป็นตัวประกอบการอ่านสั้นแบบคู่ขนานสำหรับจีโนมขนาดใหญ่โดยใช้กราฟ de Bruijn PASHA ใช้ประโยชน์จากทั้ง CPU แบบมัลติคอร์หน่วยความจำที่ใช้ร่วมกันและคลัสเตอร์การประมวลผลหน่วยความจำแบบกระจาย PASHA ได้แสดงให้เห็นถึงศักยภาพในการดำเนินการแอสเซมบลี de-novo คุณภาพสูงของจีโนมขนาดใหญ่ในเวลาที่เหมาะสมด้วยทรัพยากรการประมวลผลที่พอเหมาะ การประเมินของเราโดยใช้ชุดข้อมูลปลายคู่จริงขนาดเล็กสามชุดแสดงให้เห็นว่า PASHA สามารถผลิตชุดประกอบที่ดีขึ้นโดยมีความครอบคลุมของจีโนมที่เปรียบเทียบได้และอัตราการประกอบที่ผิดพลาดเมื่อเทียบกับชุดประกอบชั้นนำสามตัว: Velvet, ABySS และ SOAPdenovo นอกจากนี้ PAHA ยังได้รับความเร็วที่เร็วที่สุดสำหรับชุดข้อมูลทั้งสามบน CPU ตัวเดียว สำหรับจีโนมมนุษย์ PASHA บรรลุคุณภาพการประกอบที่แข่งขันได้กับ ABySS และสามารถประกอบให้เสร็จสิ้นได้ในเวลาประมาณ 21 ชั่วโมง ซึ่งเร็วกว่า ABySS ประมาณ 2.38 เท่าในการกำหนดค่าฮาร์ดแวร์เดียวกัน
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล
ภาษาโปรแกรม
C + +
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/pasha/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา