นี่คือแอป Linux ชื่อ SOAP3-DP ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ SOAP3-DP พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
SOAP3-DP
DESCRIPTION
รหัสล่าสุดบน GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp ผ่านการใช้ประโยชน์จากพลังประมวลผลของทั้ง CPU และ GPU ด้วยอัลกอริธึมที่ปรับให้เหมาะสม มอบความเร็วและความไวสูงพร้อมกัน เมื่อเปรียบเทียบกับเครื่องมือจัดตำแหน่งที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย เช่น BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM และเครื่องมือจัดตำแหน่งที่ใช้ GPU BarraCUDA และ CUSHAW พบว่า SOAP3-dp เร็วขึ้นสองถึงสิบเท่า ในขณะที่ยังคงความไวสูงสุดและอัตราการค้นพบเท็จต่ำสุด (FDR) ) บน Illumina อ่านด้วยความยาวต่างกัน SOAP3-dp รองรับรูปแบบไฟล์ BAM และจัดเตรียมรูปแบบการให้คะแนนแบบเดียวกับ BWA ซึ่งช่วยให้สามารถรวมเข้ากับไปป์ไลน์การวิเคราะห์ที่มีอยู่ได้
การอ้างอิง: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: ตัวจัดตำแหน่งการอ่านระยะสั้นที่ใช้ GPU ที่รวดเร็ว แม่นยำ และละเอียดอ่อน PLOS ONE 8 (5): e65632 ดอย:10.1371/journal.pone.0065632
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล
ภาษาโปรแกรม
ซี++, ซี
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
