นี่คือแอป Linux ชื่อ VarScan ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้เป็น VarScan.v2.3.9.jar สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ VarScan พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
วาร์สแกน
DESCRIPTION
การตรวจจับตัวแปรในการจัดลำดับคู่ขนานอย่างหนาแน่น สำหรับตัวอย่างเดียว เรียก SNPs, indels และ genotypes ฉันทามติ สำหรับคู่เนื้องอก-ปกติ ให้จำแนกแต่ละตัวแปรเพิ่มเติมเป็น เชื้อโรค โซมาติก หรือ LOH และยังตรวจพบการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนาโซมาติก รุ่นล่าสุดมีอยู่ใน GITHUB
คุณสมบัติ
- เรียก SNP และ Indels จากไฟล์ SAMtools pileup
- กรองตัวแปรตามความครอบคลุม ความลึกในการอ่าน ความถี่ตัวแปร และคุณภาพพื้นฐาน
- กำหนดสถานะโซมาติก (โซมาติก, เจิร์มไลน์, LOH) สำหรับคู่เนื้องอก-ปกติ
- เปรียบเทียบ รวม และตัดสองรายการของตัวแปร
- จำกัดการเรียกตัวแปรไปยังชุดตำแหน่งเป้าหมายหรือภูมิภาคเป้าหมาย
- ฟรีสำหรับการใช้งานที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
ชวา
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/varscan/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
