นี่คือแอป Windows ชื่อ BBMap ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้ในชื่อ BBMap_39.03.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ BBMap พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OS OnWorks จากเว็บไซต์นี้ แต่โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows ที่ดีกว่า
- 5. จากระบบปฏิบัติการ Windows ของ OnWorks ที่คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นและติดตั้ง
- 7. ดาวน์โหลดไวน์จากที่เก็บซอฟต์แวร์ลีนุกซ์ดิสทริบิวชันของคุณ เมื่อติดตั้งแล้ว คุณสามารถดับเบิลคลิกที่แอปเพื่อเรียกใช้แอปด้วย Wine คุณยังสามารถลองใช้ PlayOnLinux ซึ่งเป็นอินเทอร์เฟซแฟนซีบน Wine ที่จะช่วยคุณติดตั้งโปรแกรมและเกมยอดนิยมของ Windows
ไวน์เป็นวิธีเรียกใช้ซอฟต์แวร์ Windows บน Linux แต่ไม่จำเป็นต้องใช้ Windows Wine เป็นเลเยอร์ความเข้ากันได้ของ Windows แบบโอเพ่นซอร์สที่สามารถเรียกใช้โปรแกรม Windows ได้โดยตรงบนเดสก์ท็อป Linux โดยพื้นฐานแล้ว Wine พยายามนำ Windows กลับมาใช้ใหม่ให้เพียงพอตั้งแต่เริ่มต้น เพื่อให้สามารถเรียกใช้แอปพลิเคชัน Windows เหล่านั้นทั้งหมดโดยไม่จำเป็นต้องใช้ Windows จริงๆ
ภาพหน้าจอ
Ad
BB Map
DESCRIPTION
แพ็คเกจนี้ประกอบด้วย BBMap เครื่องมือจัดตำแหน่งการอ่านแบบสั้น ตลอดจนเครื่องมือชีวสารสนเทศอื่นๆ มันเขียนด้วย Java ล้วนๆ สามารถทำงานบนแพลตฟอร์มใดก็ได้ และไม่มีการอ้างอิงอื่นใดนอกจาก Java ที่กำลังติดตั้งอยู่ (คอมไพล์สำหรับ Java 6 ขึ้นไป) เครื่องมือทั้งหมดมีประสิทธิภาพและเป็นแบบมัลติเธรด
BBMap: เครื่องมือจัดตำแหน่งการอ่านแบบสั้นสำหรับข้อมูล DNA และ RNA-seq มีความสามารถในการจัดการจีโนมขนาดใหญ่ตามอำเภอใจด้วยโครงนั่งร้านนับล้าน จัดการ Illumina, PacBio, 454 และการอ่านอื่น ๆ ความไวสูงมาก และทนต่อข้อผิดพลาดและอินเดลขนาดใหญ่จำนวนมาก เร็วมาก.
BBNorm: เครื่องมือแก้ไขข้อผิดพลาดและการทำให้เป็นมาตรฐานตาม Kmer
Dedupe: ลดความซับซ้อนของแอสเซมบลีโดยลบลำดับย่อยที่ซ้ำกันหรือมีลำดับย่อยที่ใช้ข้อมูลประจำตัวเปอร์เซ็นต์เป้าหมายร่วมกัน
การจัดรูปแบบใหม่: การจัดรูปแบบใหม่จะอ่านระหว่าง fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired และ ASCII-33/64 ที่มากกว่า 500 MB/s
BBDuk: ตัวกรอง ตัดแต่ง หรือมาสก์อ่านด้วย kmer ที่ตรงกับไฟล์สิ่งประดิษฐ์/สิ่งปนเปื้อน
...และอื่น ๆ!
คุณสมบัติ
- Pure Java ทำงานบนทุกแพลตฟอร์ม คอมไพล์แล้ว แค่แตกไฟล์แล้วรัน
- รวดเร็ว มีประสิทธิภาพ และมัลติเธรด
- ข้อมูลการใช้งานที่แสดงเมื่อรันเชลล์สคริปต์โดยไม่มีพารามิเตอร์
- ความไวสูงสุดของเครื่องมือจัดฟันแบบอ่านสั้น
- ติดตั้งง่าย เพียงเปิดเครื่องรูด/เปิดเครื่องรูด
- ง่ายต่อการใช้. ตัวอย่าง: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- จัดการรูปแบบทั่วไปทั้งหมด: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip
- ใช้โดยสถาบันจีโนมร่วม
- BB ย่อมาจาก Bestus Bioinformaticus
- มีคำถามที่พบบ่อยที่นี่: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล
ภาษาโปรแกรม
ชวา
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/bbmap/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
