ABYSS - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

ABYSS - buuin ang mga maikling reads sa contigs

SINOPSIS

ABYSS [OPTION] ... FILE...

DESCRIPTION

Ipunin ang lahat ng input file, FILE, na maaaring nasa FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM o
BAM na format at maaaring i-compress ng gz, bz2 o xz at maaaring lagyan ng tar.

Ang mga gumagamit na nagnanais na magpatakbo ng isang buong pagpupulong na may ABySS ay inirerekomenda na gumamit ng abyss-pe bilang kanilang
entry point kaysa sa ABYSS program. Ang abyss-pe ay isang Makefile na nag-coordinate ng marami
ng mga tool ng ABySS (kabilang ang ABYSS) upang mapatakbo ang buong pipeline ng pagpupulong ng ABySS.
Ang abyss-pe ay may kakayahang gumawa ng maraming bagay na hindi kaya ng ABYSS, gaya ng pag-leverage ng
impormasyon ng distansya na ibinibigay ng mga pinagpares na dulong pagbabasa at mga pagbabasa ng mate pair.

--kalinisang-puri
itapon ang mga hindi malinis na binasa [default]

--walang-kalinisang-puri
huwag itapon ang mga hindi malinis na pagbasa

--trim-masked
gupitin ang mga naka-mask na base mula sa mga dulo ng mga nabasa [default]

--walang-trim-masked
huwag gupitin ang mga naka-mask na base mula sa mga dulo ng mga nabasa

-q, --trim-kalidad=THRESHOLD
trim base mula sa mga dulo ng reads na ang kalidad ay mas mababa kaysa sa threshold

-Q, --kalidad ng maskara=THRESHOLD
i-mask ang lahat ng base sa mga read na ang kalidad ay mas mababa kaysa sa threshold

--karaniwang-kalidad
ang zero na kalidad ay `!' (33)
default para sa FASTQ at SAM file

--ilumina-kalidad
Ang zero na kalidad ay `@' (64)
default para sa qseq at pag-export ng mga file

-o, --labas=FILE
isulat ang contigs sa FILE

-k, --kmer=KMER_SIZE
laki ng k-mer

-t, --trim-haba=TRIM_LENGTH
maximum na haba ng nakalawit na mga gilid upang putulin

-c, --saklaw=COVERAGE
alisin ang mga contig na may mean na saklaw ng k-mer na mas mababa sa threshold na ito

-b, --mga bula=N
mga pop bubble na mas maikli sa N bp (default: 3*k).

-b0, --walang-bula
huwag mag pop bubble

-e, --maagnas=COVERAGE
erode base sa dulo ng blunt contigs na may coverage na mas mababa sa threshold na ito

-E, --erode-strand=COVERAGE
erode base sa dulo ng blunt contigs na may coverage na mas mababa kaysa sa threshold na ito
alinman sa strand

--cover-hist=FILE
itala ang histogram ng saklaw ng k-mer sa FILE

-g, --graph=FILE
bumuo ng isang graph sa format na tuldok

-s, --snp=FILE
itala ang mga nag-pop na bula sa FILE

-v, --verbose
ipakita ang verbose output

- Tumulong ipakita ang tulong na ito at lumabas

--bersyon
impormasyon sa bersyon ng output at paglabas

Gamitin ang ABYSS online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net