alistat - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

alistat - ipakita ang mga istatistika para sa maramihang alignment na file

SINOPSIS

alista [mga pagpipilian] alignfile

DESCRIPTION

alista nagbabasa ng maramihang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod mula sa file alignfile sa anumang suportado
format (kabilang ang SELEX, GCG MSF, at CLUSTAL), at nagpapakita ng ilang simpleng istatistika
tungkol doon. Kasama sa mga istatistikang ito ang pangalan ng format, ang bilang ng mga sequence, ang
kabuuang bilang ng mga nalalabi, ang average at hanay ng mga haba ng pagkakasunud-sunod, ang pagkakahanay
haba (hal. kasama ang mga gap character).

Ipinapakita rin ang ilang porsyentong pagkakakilanlan. Tinukoy ang isang porsyentong pairwise alignment identity
as (idents / MIN(len1, len2)) saan mga identidad ay ang bilang ng eksaktong pagkakakilanlan at len1,
len2 ay ang hindi magkatugmang haba ng dalawang sequence. Ang "average na porsyentong pagkakakilanlan", "karamihan
magkaugnay na pares", at "pinaka hindi nauugnay na pares" ng pagkakahanay ay ang average, maximum, at
minimum ng lahat ng (N)(N-1)/2 pares, ayon sa pagkakabanggit. Ang "pinaka malayong seq" ay kinakalkula ng
paghahanap ng maximum pairwise identity (pinakamahusay na kamag-anak) para sa lahat ng N sequence, pagkatapos ay paghahanap
ang pinakamababa sa mga N numerong ito (samakatuwid, ang pinaka-outlying sequence).

Opsyon

-a Magpakita ng karagdagang verbose information: isang talahanayan na may isang linya sa bawat sequence na nagpapakita
pangalan, haba, at ang pinakamataas at pinakamababang pagkakakilanlan ng magkapares. Ang mga linyang ito ay
prefix na may * character upang madaling paganahin grep'inayos ang mga ito at pinagbubukod-bukod ang mga ito.
Halimbawa, alista -a foo.slx | grep * | uri -n +3 nagbibigay ng ranggo na listahan ng
pinakamalayong pagkakasunud-sunod sa pagkakahanay. Hindi tugma sa -f pagpipilian.

-f Mabilis; gumamit ng paraan ng sampling upang tantyahin ang average na %id. Kapag ang pagpipiliang ito ay
pinili, alista ay hindi nagpapakita ng iba pang tatlong magkapares na numero ng pagkakakilanlan. Ito
Ang opsyon ay kapaki-pakinabang para sa napakalaking alignment, kung saan ang buong (N)(N-1) na pagkalkula
sa lahat ng pares ay magiging mahigpit (hal. Pfam's GP120 alignment, na may higit sa 10,000
mga pagkakasunud-sunod). Hindi tugma sa -a pagpipilian.

-h Mag-print ng maikling tulong; kasama ang numero ng bersyon at buod ng lahat ng mga opsyon, kabilang ang
mga opsyon ng eksperto.

-q tumahimik - sugpuin ang verbose header (pangalan ng programa, numero at petsa ng paglabas, ang
mga parameter at opsyon na may bisa).

-B (Babelfish). I-autodetect at basahin ang isang sequence file format maliban sa default
(FASTA). Halos anumang karaniwang sequence file format ay kinikilala (kabilang ang Genbank,
EMBL, SWISS-PROT, PIR, at GCG na hindi nakahanay na mga format ng sequence, at Stockholm, GCG MSF,
at mga format ng Clustal alignment). Tingnan ang naka-print na dokumentasyon para sa kumpletong listahan
ng mga sinusuportahang format.

EXPERT Opsyon

--impormasyon
Tukuyin na ang sequence file ay nasa format , sa halip na ang default na FASTA
pormat. Kasama sa mga karaniwang halimbawa ang Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
o PHYLIP; tingnan ang naka-print na dokumentasyon para sa kumpletong listahan ng tinatanggap na format
mga pangalan. Ino-override ng opsyong ito ang default na format (FASTA) at ang -B Babelfish
pagpipilian sa autodetection.

Gumamit ng alistat online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net