amap - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

amap - Pag-align ng maramihang protina sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod na pagsusubo

SINOPSIS

amap [OPTION] [MFAFILE] [MFAFILE]

DESCRIPTION

Ang AMAP ay isang tool upang magsagawa ng maramihang pag-align ng mga peptidic sequence. Ito ay gumagamit ng posterior
pag-decode, at pagkakahanay ng sequence-annealing, sa halip na ang tradisyonal na progresibo
paraan ng pagkakahanay. Ito ay ang tanging alignment program na nagpapahintulot sa isa na kontrolin ang
sensitivity / specificity tradeoff. Ito ay batay sa ProbCons source code, ngunit ginagamit
alignment metric accuracy at inaalis ang consistency transformation.

Sa default na configuration nito, nakatutok ang AMAP para i-maximize ang inaasahang Alignment Metric
Accuracy (AMA) score - isang bagong alignment accuracy measure, batay sa isang sukatan para sa
multiple-alignment space, na nagsasama ng sensitivity at specificity sa isang solong
balanseng sukat. Ang AMA ay tinukoy bilang ang bahagi ng wastong pagkakahanay na mga nalalabi (alinman sa
isa pang nalalabi o sa isang puwang) mula sa kabuuang bilang ng mga nalalabi sa lahat ng mga pagkakasunud-sunod.

amap aligns sequences ibinigay sa MFA format. Binubuo ang format na ito ng maraming sequence.
Ang bawat sequence sa MFA format ay nagsisimula sa isang solong linya na paglalarawan, na sinusundan ng mga linya ng
data ng pagkakasunod-sunod. Ang linya ng paglalarawan ay nakikilala mula sa sequence data sa pamamagitan ng a
mas malaki-kaysa (“>”) na simbolo sa unang hanay.

Opsyon

-clustalw
gumamit ng CLUSTALW output format sa halip na MFA

-c --hindi pagbabago SINASABI ni REP
gumamit ng 0 <= SINASABI ni REP <= 5 (default: 0) pass ng consistency transformation

-ako --iterative-refinement SINASABI ni REP
gumamit ng 0 <= SINASABI ni REP <=1000 (default: 0) pass ng iterative-refinement

-pre --pre-training SINASABI ni REP
gumamit ng 0 <= SINASABI ni REP <= 20 (default: 0) na round ng pretraining

-pares
bumuo ng all-pair pairwise alignment

-viterbi
gamitin ang Viterbi algorithm upang bumuo ng lahat ng mga pares (awtomatikong pinapagana -pares)

-v --verbose
Iulat ang pag-unlad habang naka-align (default: naka-off)

-annot FILENAME
sumulat ng anotasyon para sa maramihang pagkakahanay sa FILENAME

-t --tren FILENAME
kalkulahin ang mga probabilidad ng paglipat ng EM, mag-imbak sa FILENAME (default: walang pagsasanay)

-e --mga emisyon
reestimate din ang mga probabilidad ng emission (default: off)

-p --paramfile FILENAME
basahin ang mga parameter mula sa FILENAME (default: )

-a --alignment-order
mga pagkakasunud-sunod ng pag-print sa pagkakasunud-sunod ng pagkakahanay sa halip na pagkakasunud-sunod ng pag-input (default: naka-off)

-g --gap-factor GF
gamitin GF bilang parameter ng gap-factor, itinakda sa 0 para sa pinakamahusay na sensitivity, mas mataas na mga halaga para sa
mas mahusay na pagtitiyak (default: 0.5)

-w --edge-weight-threshold W
itigil ang sequence annealing process kapag ang pinakamagandang gilid ay may mas mababang timbang kaysa W, itakda sa 0
para sa pinakamahusay na sensitivity, mas mataas na mga halaga para sa mas mahusay na pagtitiyak (default: 0)

-prog --progresibo
gumamit ng progressive alignment sa halip na sequence annealing alignment (default: off)

-noreorder --no-edge-reordering
huwag paganahin ang muling pagsasaayos ng mga gilid sa panahon ng pagkaka-align ng pagkakasunud-sunod ng pagsusubo (default: naka-off)

-maxstep --use-max-stepsize
gumamit ng maximum na laki ng hakbang sa pagpapahusay sa halip na tGf edge ranking (default: off)

-print --print-posteriors
i-print lamang ang posterior probability matrice (default: off)

-gui START HAKBANG
print output para sa AMAP Display Java based GUI (default: ) simula sa timbang START
(default: infinity) na may laki ng hakbang HAKBANG (default: )

HALIMBAWA

Upang patakbuhin ang AMAP gamit ang mga default na opsyon ay palitan sa align direktoryo at uri:

% amap

Kung walang ibinigay na pangalan ng file ang listahan ng mga opsyon ay naka-print.

Upang magamit ang AMAP Display, patakbuhin ang AMAP gamit ang -gui na opsyon, at i-save ang output sa a
file, pagkatapos ay gamitin ang file bilang input sa AmapDisplay. Halimbawa, i-type ang:

% ihanay/mapa -gui mga halimbawa/BB12020.tfa > mga halimbawa/BB12020.tfa.out

% Dyaba - banga display/AmapDisplay.jar mga halimbawa/BB12020.tfa.out

(sa mga sistema ng Debian, ang halimbawa ang direktoryo ay nasa /usr/share/doc/amap-align/examps

NOTA

Sa mga mas lumang bersyon ( < 2.0-1) ng package para sa Debian(TM) system, ang amap utos ay
pinalitan ng pangalan amap-align dahil mayroon nang ibang tool na tinatawag amap (na gumaganap ng ilan
diagnostic ng computer network). Isang simbolikong link amap-align ay ibinigay pa rin para sa pag-upgrade
ngunit aalisin sa mga paglabas ng Debian sa likod ng Etch (Debian 4.0).

Gumamit ng amap online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net