Ito ang command arden-create na maaaring patakbuhin sa OnWorks free hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
arden-create - bumuo ng isang artificial reference genome (AR) mula sa isang ibinigay na input
SINOPSIS
arden-lumikha [pagpipilian] [OUTPUTFOLDER] [INPUT MABILIS] ...
DESCRIPTION
Script upang bumuo ng isang artificial reference genome (AR) mula sa isang ibinigay na input. Ang AR
pinupunan ang mga sumusunod na kundisyon sa pamamagitan ng mga default na setting:
1 ay may pamamahagi ng nucleotide na katumbas ng input genome
2 ay may amino acid (aa) distribution na katumbas ng input genome
Pinapanatili ng 3 ang aa neighborhood na katulad ng neighborhood sa input genome
Pinoprotektahan ng 4 ang pagsisimula at paghinto ng mga codon mula sa mga mutasyon
Opsyon
Mga Kinakailangang Argumento:
OUTPUTFOLDER
kumpletong path sa output destination folder
INPUT MABILIS
Single sequence Fasta file.
--bersyon
ipakita ang numero ng bersyon ng programa at lumabas
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
-d DISTANCE, --distansya=DISTANCE
distansya sa pagitan ng 2 mutasyon sa antas ng DNA. Ang pinakamababang distansya ay magiging d-3.
[default: 15]
-o ORF, --orf=ORF
1- protektahan ang istraktura ng ORF mula sa mga mutasyon. 0 - payagan ang mga mutasyon sa pagsisimula / paghinto
codon [default: 1]
-r REVSUB, --revsub=REVSUB
1 - reverse substitution kung walang nakitang angkop na katapat (balanseng mutation).
0 - panatilihin ang mga hindi balanseng mutasyon.[default: 1]
-m RANDOM, --random=RANDOM
1/0 variable. 1 - shuffled panimulang posisyon para sa
mutasyon. 0 - linear mutation [default: 1]
-s SORF, --saveors=SORF
I-save ang nahanap na start at stop codon sa isang pickle file (maaaring i-load kung ang input fasta
ay ginagamit muli kung ang isang filename ay tinukoy). [default: ]
-l LORF, --mga loadorf=LORF
Tukuyin ang filename sa isang naunang ginawang pickle file (naglalaman ng mga posisyon ng
start/stop codons) [default: ]
-n NAME, --pangalan=NAME
Tukuyin ang pangalan na gagamitin bilang header. [default: ]
-p PEXAMPLES, --mga halimbawa=MGA PEXAMPLES
itakda sa 1 kung gusto mong mag-print ng mga halimbawa
Gumamit ng arden-create online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
