autogrid4 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

autogrid - paghahanda ng protina at ligand para sa pagsusuri ng AutoDock

SINOPSIS

autogrid4 [pagpipilian] -p gridparameterfile

DESCRIPTION

Autogrid naghahanda ng 3D grid na representasyon ng non-covalent interaction energies na
iba't ibang uri ng ligand atom na tinukoy ng user ang mararanasan sa paligid ng target na tinukoy ng user
macromolecule. Sa karagdagan, ang electrostatic potensyal at desolvation libreng grid ng enerhiya
maaari ding kalkulahin ang mga mapa. Ang mga grid maps ay naka-imbak sa mga plain text file na may
extension na '.map' at kinakailangan ng AutoDock 4 upang magsagawa ng mga docking. AutoGrid din
naglalabas ng '.xyz' na file na naglalarawan sa mga spatial na lawak ng grid box, at isang AVS
field na '.fld' na file na naglalarawan sa pare-parehong set ng atomic affinity grid na mga mapa na iyon
ay kinakalkula nang magkasama para sa isang naibigay na target na macromolecule. Tandaan: ito ay kinakailangan upang
kalkulahin ang mga grid maps para sa lahat ng mga uri ng atom sa ligand o hanay ng mga ligand na magiging
naka-dock, pati na rin ang electrostatic potential grid map at desolvation free energy map.
Halimbawa, kung ang isang ligand ay may aliphatic carbon at isang hydrogen-bond-accepting oxygen
atom, kakailanganing kalkulahin ang parehong mapa ng 'C' at mapa ng 'OA'. Tingnan mo
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
mga parameter para sa higit pang impormasyon tungkol sa mga uri ng atom ng AutoDock 4.

Ang input sa AutoGrid ay pinakamahusay na inihanda gamit ang program suite na AutoDockTools. Walang
paraan upang patakbuhin ang autodock4 nang walang grid.

Opsyon

-o Gumamit ng lumang format na PDBq (q sa mga column 55-61)

-u Impormasyon sa paggamit, din -h sa Debian.

-d Tumaas na verbosity ng mga mensahe upang makatulong sa pag-debug.

-l logfile

-p filename Tinutukoy ang Grid Parameter File

Halimbawa

Ang isang hanay ng mga pagsubok ay ginawang magagamit sa mga pinagmumulan ng AutoGrid na maaaring magamit bilang mga sumusunod:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Mga Pagsusulit
$ cd / Tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg

Inihahanda ng command na ito ang mga file ng grid map para sa bawat isa sa mga uri ng AutoDock atom na tinukoy sa
grid parameter file (sa kasong ito: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), ang AVS
field file (hsg1_sm.maps.fld) at hsg1_sm.maps.xyz. Upang maisagawa ang pagkalkula ng cocking,
Dapat isagawa ang AutoDock, kahit na nangangailangan ito ng hiwalay na docking parameter file (na may
extension .dpf). Ang 'DPF' ay tumutukoy sa mga file ng grid map na kinakailangan para sa docking
at nagbibigay-daan sa pagtatakda ng iba pang mahahalagang parameter, gaya ng paraan ng paghahanap at kung paano
maraming docking na gagawin.

Gamitin ang autogrid4 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net