Ito ang command blastclust na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
blastclust - BLAST score-based na single-linkage clustering
SINOPSIS
blastclust [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c filename] [-d filename] [-e F]
[-i filename] [-l filename] [-o filename] [-p F] [-r filename] [-s filename]
[-v [filename]]
DESCRIPTION
blastclust awtomatiko at sistematikong pinagsama-sama ang mga sequence ng protina o DNA batay sa
pareswise na mga tugma na natagpuan gamit ang BLAST algorithm sa kaso ng mga protina o Mega BLAST
algorithm para sa DNA. Sa huling kaso isang paghahanap ng Mega BLAST ang ginagawa para sa lahat ng
pinagsama-samang mga pagkakasunud-sunod laban sa isang database na nilikha mula sa parehong mga pagkakasunud-sunod. blastclust hahanap
mga pares ng mga sequence na may istatistikal na makabuluhang mga tugma at mga cluster na ginagamit ng mga ito
single-linkage clustering.
Opsyon
Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba.
- I-print ang mensahe ng paggamit
-C Kumpletuhin ang hindi natapos na clustering
-L X Haba ng saklaw ng threshold (default = 0.9)
-S X Threshold sa saklaw ng marka (bit na marka / haba kung <3.0, porsyento ng mga pagkakakilanlan
kung hindi man; default = 1.75)
-W N Gumamit ng mga salita na may sukat N (haba ng pinakamahusay na perpektong tugma; zero ang humihiling ng default na gawi: 3
para sa mga protina, 32 para sa mga nucleotides)
-a N Bilang ng mga CPU na gagamitin (default = 1)
-b F Huwag mangailangan ng coverage sa parehong kapitbahay
-c filename
Basahin ang mga advanced na opsyon mula sa configuration file filename
-d filename
Input bilang isang database
-e F Huwag paganahin ang pag-parse ng id sa pag-format ng database
-i filename
FASTA input file (programa ay mag-format ng database at mag-aalis ng mga file sa dulo;
default = stdin)
-l filename
Limitahan ang pag-recluster sa listahan ng id sa filename
-o filename
Output file para sa listahan ng mga cluster (default = stdout)
-p F Ang input ay mga nucleotides, hindi mga protina.
-r filename
Ibalik ang mga kapitbahay para sa reclustering mula sa filename
-s filename
I-save ang lahat ng mga kapitbahay sa filename
-v [filename]
Mag-print ng mga verbose progress message (to filename)
Gamitin ang blastclust online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
