bowtie - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bowtie - ultrafast memory-efficient short read aligner

DESCRIPTION

Paggamit: bowtie [mga opsyon]* {-1 -2 | --12 | } [ ]

Listahan ng mga file na pinaghihiwalay ng kuwit na naglalaman ng mga kasama sa upstream (o ang mga sequence
kanilang sarili, kung -c ay nakatakda) ipinares sa mga kapareha sa

Listahan ng mga file na pinaghihiwalay ng kuwit na naglalaman ng mga downstream mates (o ang mga sequence
kanilang sarili kung -c ay nakatakda) ipinares sa mga kapareha sa

Listahan ng mga file na pinaghihiwalay ng kuwit na naglalaman ng mga crossbow-style reads. Maaaring pinaghalong
magkapares at hindi magkapares. Tukuyin ang "-" para sa stdin.

Listahan ng mga file na pinaghihiwalay ng kuwit na naglalaman ng mga hindi ipinares na pagbabasa, o ang mga pagkakasunud-sunod
kanilang sarili, kung -c ay nakatakda. Tukuyin ang "-" para sa stdin.

File kung saan isusulat ang mga hit (default: stdout)

input:
-q Ang mga file ng input ng query ay FASTQ .fq/.fastq (default)

-f query input file ay (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r Ang mga query input file ay raw one-sequence-per-line

-c query sequence na ibinigay sa cmd line (as , )

-C nasa colorspace ang mga reads at index

-Q/--quals
QV file (mga) naaayon sa CSFASTA input; gamitin kasama ang -f -C

--Q1//--Q2
katulad ng -Q, ngunit para sa mate file 1 at 2 ayon sa pagkakabanggit

-s/--laktawan
laktawan ang una binabasa/pares sa input

-u/--qupto
huminto ka muna mga nabasa/pares (hindi kasama ang mga nilaktawan na nabasa)

-5/--trim5
pumantay base mula sa 5' (kaliwa) dulo ng mga nabasa

-3/--trim3
pumantay base mula sa 3' (kanan) dulo ng mga nabasa

--phred33-quals
ang input quals ay Phred+33 (default)

--phred64-quals
Ang input quals ay Phred+64 (katulad ng --solexa1.3-quals)

--solexa-quals
ang input quals ay mula sa GA Pipeline ver. < 1.3

--solexa1.3-quals
ang input quals ay mula sa GA Pipeline ver. >= 1.3

--integer-quals
ang mga katangian ay ibinibigay bilang mga integer na pinaghihiwalay ng espasyo (hindi ASCII)

--malaking-index
puwersahin ang paggamit ng isang 'malaking' index, kahit na mayroong maliit

Alignment:
-v
mag-ulat ng mga end-to-end na hit w/ <=v mismatches; huwag pansinin ang mga katangian

or

-n/--seedmms max mismatches sa seed (maaaring 0-3, default: -n 2)

-e/--maqerr
max sum ng mismatch quals sa buong alignment para sa -n (def: 70)

-l/--punla haba ng buto para sa -n (default: 28)

--nomaqround
huwag paganahin ang mala-Maq na pag-ikot ng kalidad para sa -n (pinakamalapit na 10 <= 30)

-I/--minins
pinakamababang laki ng insert para sa paired-end alignment (default: 0)

-X/--maxins
maximum na laki ng insert para sa paired-end alignment (default: 250)

--fr/--rf/--ff -1, -2 ihanay ng mga kasama ang fw/rev, rev/fw, fw/fw (default: --fr)

--nofw/--norc
huwag ihanay sa forward/reverse-complement reference strand

--maxbts
max # backtrack para sa -n 2/3 (default: 125, 800 para sa --pinakamahusay)

--mga pares
max # na pagtatangkang maghanap ng kapareha para sa anchor hit (default: 100)

-y/--subukang maigi
subukang mabuti na makahanap ng wastong mga pagkakahanay, sa kapinsalaan ng bilis

--chunkmbs
max megabytes ng RAM para sa pinakamahusay na unang paghahanap na mga frame (def: 64)

Pag-uulat:
-k
mag-ulat hanggang sa magagandang pagkakahanay sa bawat pagbabasa (default: 1)

-a/--lahat
iulat ang lahat ng alignment sa bawat nabasa (mas mabagal kaysa mababa -k)

-m
sugpuin ang lahat ng pagkakahanay kung > umiiral (def: walang limitasyon)

-M
gaya ng -m, ngunit nag-uulat ng 1 random na hit (MAPQ=0); nangangailangan --pinakamahusay

--pinakamahusay garantisadong pinakamahusay na stratum ang mga hit; mga ugnayang sinira ng kalidad

--strata
Ang mga hit sa sub-optimal na strata ay hindi iniuulat (nangangailangan --pinakamahusay)

output:
-t/--oras
oras ng pag-print ng wall-clock na kinuha ng mga yugto ng paghahanap

-B/--offbase pinakakaliwang ref offset = sa bowtie na output (default: 0)

--tahimik
walang nai-print kundi ang mga pagkakahanay

--refout
magsulat ng mga alignment sa mga file refXXXXX.map, 1 mapa bawat reference

--refidx
sumangguni sa ref. seqs sa pamamagitan ng 0-based na index sa halip na pangalan

--al
isulat ang mga nakahanay na nabasa/pares sa (mga) file

--un
magsulat ng mga hindi nakahanay na nabasa/pares sa (mga) file

--max
isulat ang mga binasa/pares -m limitasyon sa (mga) file

--sugpuin
pinipigilan ang mga ibinigay na column (comma-delim'ed) sa default na output

--fullref
isulat ang buong pangalan ng ref (default: hanggang 1st space lang)

Colorspace:
--snpphred
Phred penalty para sa SNP kapag nagde-decode ng colorspace (def: 30)

or

--snpfrac
tinatayang bahagi ng mga base ng SNP (hal. 0.001); set --snpphred

--col-cseq
i-print ang nakahanay na colorspace seqs bilang mga kulay, hindi mga naka-decode na base

--col-cqual
i-print ang orihinal na colorspace quals, hindi decoded quals

--col-keepends
panatilihin ang mga nucleotide sa matinding dulo ng decoded alignment

SAM:
-S/--sam
sumulat ng mga hit sa SAM na format

--mapq
default na kalidad ng pagmamapa (MAPQ) na ipi-print para sa SAM alignments

--sam-nohead
sugpuin ang mga linya ng header (nagsisimula sa @) para sa output ng SAM

--sam-nosq
sugpuin ang mga linya ng header ng @SQ para sa output ng SAM

--sam-RG
idagdag (karaniwan ay "lab=value") sa @RG line ng SAM header

Pagganap:
-o/--offrate override offrate ng index; dapat na >= offrate ng index

-p/--mga thread bilang ng mga alignment thread na ilulunsad (default: 1)

--mm gumamit ng memory-mapped I/O para sa index; maraming mga 'bowtie' ang maaaring ibahagi

--shmem
gumamit ng shared mem para sa index; maraming mga 'bowtie' ang maaaring ibahagi

Iba pa:
--binhi
buto para sa random number generator

--verbose
verbose output (para sa pag-debug)

--bersyon
i-print ang impormasyon ng bersyon at huminto

-h/--tulong
i-print ang mensahe ng paggamit na ito

64-bit na Binuo noong lgw01-11 Thu Nob 26 11:11:48 UTC 2015 Compiler: gcc version 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Mga Opsyon: -O3 -Wl,--hash-style=pareho -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-seguridad -g -O2 -fstack-protector-strong
-Wformat -Werror=format-seguridad -Wl,-Bsymbolic-function -Wl,-z,relro Sukat ng {int, mahaba,
mahaba ang haba, walang laman*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

Gumamit ng bowtie online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net