Ito ang command na bp_fastam9_to_tablep na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
fastm9_to_table - gawing NCBI -m 9 na output ang FASTA -m 9 na output
SINOPSIS
fastm9_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] inputfile1 inputfile2 ...
DESCRIPTION
Mga pagpipilian sa command line:
-e/--evalue evalue -- filter ayon sa evalue
-b/--bitscore bitscore -- filter ayon sa bitscore
--header -- boolean flag upang i-print ang header ng column
-o/--out -- opsyonal na outputfile para magsulat ng data,
kung hindi ay susulat sa STDOUT
-h/--help -- ipakita ang dokumentasyong ito
Hindi technically isang SearchIO script dahil hindi ito gumagamit ng anumang bahagi ng Bioperl ngunit isang
kapaki-pakinabang at mabilis. Ang output ay tabular na output na may karaniwang mga column na NCBI -m9.
queryname
hit pangalan
porsyentong pagkakakilanlan
haba ng pagkakahanay
hindi pagkakatugma ng numero
mga agwat ng numero
pagsisimula ng query (kung nasa rev-strand start > end)
pagtatapos ng query
pindutin ang simula (kung sa rev-strand start > end)
hit dulo
suriin
kaunting puntos
Bukod pa rito, 3 pang column ang ibinigay
fasta score
sw-score
porsyentong magkatulad
haba ng query
haba ng hit
query gaps
hit gaps
AUTHOR - Jason Stajich
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Gamitin ang bp_fastam9_to_tablep online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
