bp_hivqp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bp_hivq.PL - isang interactive na interface ng command-line sa Bio::DB::HIV at
Bio::DB::Query::HIVQuery

SINOPSIS

$ perl bp_hivq.PL
hivq> query C[subtype] SI[phenotype]
hivq> prerun
80 sequence ang ibinalik
Query: C[subtype] SI[phenotype]
hivq> outfile csi.fas
hivq> tumakbo
Kumpleto na ang pag-download.
hivq> outfile dsi.fas
hivq> patakbuhin ang D[subtype] SI[phenotype]
Kumpleto na ang pag-download.
hivq> bilang
25 sequence ang ibinalik
Query: D[subtype] SI[phenotype]
hivq> lumabas
$

DESCRIPTION

Ang BioPerl modules Bio::DB::HIV at Bio::DB::Query::HIVQuery na magkasama ay nagbibigay-daan sa mga batch query
laban sa Los Alamos National Laboratories' HIV Sequence Database gamit ang isang simpleng query
wika. Ang "bp_hivq.PL" ay nagbibigay ng parehong halimbawa ng paggamit ng mga module na ito, at a
standalone interactive command-line interface sa LANL HIV DB. Pinapayagan ng mga simpleng utos
ang user upang kunin ang mga pagkakasunud-sunod at anotasyon ng HIV gamit ang wika ng query na ipinatupad sa
Bio::DB::Query::HIVQuery. Bisitahin ang mga man page para sa mga module na iyon para sa higit pang mga detalye.

PAGGAMIT

Patakbuhin ang script gamit ang "perl bp_hivq.PL" o, sa Unix, "./bp_hivq.PL". Makikita mo ang

hivq>

prompt. I-type ang mga command na may mga query para makuha ang data ng sequence at annotation. Tingnan ang
SYNOPSIS para sa isang sample na session. Ang mga available na command ay inilarawan sa ibaba.

TIP
Ang LANL database ay medyo kumplikado at malawak. Gamitin ang pasilidad na "hanapin" upang tuklasin ang
magagamit na mga talahanayan at field ng database. Upang matukoy ang mga alias para sa isang partikular na field, gamitin
"hanapin ang alias [fieldname]". Halimbawa, upang makahanap ng maikling alias sa kakaibang pinangalanang field
"seq_sample.ssam_second_receptor", gawin

hivq> hanapin ang alias seq_sample.ssam_second_receptor

na nagbabalik

coreceptor second_receptor

Ngayon, sa halip na ang sumusunod na query

hivq> patakbuhin ang C[subtype] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor]

alam mong kaya mo

hivq> patakbuhin ang C[subtype] CCR5[coreceptor]

Gamitin ang command na "outfile" para itakda ang file na tumatanggap ng mga nakuhang sequence. Kaya mo
baguhin ang kasalukuyang output file sa pamamagitan lamang ng pag-isyu ng bagong "outfile" na utos sa panahon ng
session. Ang output file ay default sa karaniwang output.

Gamitin ang command na "query" upang patunayan ang isang query nang hindi napindot ang database. Gamitin ang "prerun"
o "count" na mga utos upang makakuha ng bilang ng sequence hit para sa isang query nang hindi kinukuha ang
datos. Gamitin ang "run" o "do" para magsagawa ng kumpletong query, na kumukuha ng data ng sequence sa
kasalukuyang nagtatakda ng mga output file.

Para iproseso ang mga command na "bp_hivq.PL" sa batch, gumawa ng text file ("bp_hivq.cmd", halimbawa)
naglalaman ng ninanais na mga utos ng isa sa bawat linya. Pagkatapos ay isagawa ang sumusunod mula sa shell:

$ pusa bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

UTOS

Narito ang isang kumpletong listahan ng mga utos. Ang mga opsyon sa mga solong bracket ("[req_option]") ay
kailangan; opsyonal ang mga opsyon sa double bracket ("[[opt_option]]").

kumpirmahin : I-toggle ang interactive na kumpirmasyon bago
nagsasagawa ng mga query
exit : Tumigil sa script
find : Galugarin ang database schema
maghanap ng mga talahanayan Ipakita ang lahat ng mga talahanayan ng database
hanapin ang mga patlang Ipakita ang lahat ng mga patlang ng database (mga hanay)
hanapin ang mga patlang [talahanayan] Ipakita ang lahat ng mga patlang sa [talahanayan]
hanapin ang alias [field] Ipakita ang mga wastong alias para sa [field]
help [[command]] : Ipakita ang command help
kung hindi tinukoy ang [[utos]], ilista ang lahat
magagamit na mga utos
id : Ipakita ang kasalukuyang session id
outfile [filename] : Itakda ang file para sa pagkolekta ng nakuhang data
ping : Suriin kung available ang LANL DB
prerun [[query]] : Magsagawa ng query ngunit bawiin lamang ang bilang ng hit
kung hindi tinukoy ang [[query]], gamitin ang kasalukuyang query
query [query] : Patunayan at itakda ang kasalukuyang query
tumakbo [[query]] : Isagawa ang query at kunin ang data
kung hindi tinukoy ang [[query]], gamitin ang kasalukuyang query
estado : Ipakita ang kasalukuyang estado ng script

bye : Alias ​​para sa 'exit'
config : Alias ​​para sa 'estado'
bilang : Alias ​​para sa 'prerun'
gawin : Alias ​​para sa 'tumakbo'
out : Alias ​​para sa 'outfile'
quit : Alias ​​para sa 'exit'

Opsyon

-v: verbose; Ino-on ang internal na debug() function

Feedback

Mailing Mga Listahan
Ang feedback ng user ay isang mahalagang bahagi ng ebolusyon nito at ng iba pang mga module ng Bioperl. Ipadala
ang iyong mga komento at suhestiyon ay mas mabuti sa mailing list ng Bioperl. Ang iyong pakikilahok
ay labis na pinahahalagahan.

[protektado ng email] - Pangkalahatang talakayan
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tungkol sa mga mailing list

Pag-uulat Bug
Mag-ulat ng mga bug sa Bioperl bug tracking system upang matulungan kaming subaybayan ang mga bug at ang mga ito
resolusyon. Maaaring isumite ang mga ulat ng bug sa pamamagitan ng web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTHOR - Utak ng buto A. Jensen

Mark A. Jensen[protektado ng email]>

Gamitin ang bp_hivqp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net