bp_indexp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bp_index.pl - ini-index ang mga file para magamit ng bp_fetch.pl

SINOPSIS

bp_index.pl index_name file1 file2 atbp.

DESCRIPTION

Bumubuo ang bp_index.pl ng bioperl index para sa mga sequence file na ibinigay sa listahan ng argumento,
sa ilalim ng pangalan ng index. Halimbawa

bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

gagawa ng index na tinatawag na 'nrdb' bilang pangalan ng index para sa file na nrdb.fasta, at

bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat

gagawa ng index na tinatawag na swiss para sa lahat ng mga file sa /data/swiss na nagtatapos sa .dat na
ay nasa EMBL na format.

Ang mga index ay binuo gamit ang Bio/Index/* modules, sa partikular, Bio::Index::EMBL at
ang Bio::Index:: Fasta modules. Ang anumang script na gumagamit ng mga module na ito ay maaaring gumamit ng index. A
magandang halimbawa ng script ay bp_fetch na kumukuha ng mga sequence at ipi-pipe ang mga ito sa STDOUT, para sa
halimbawa

bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN

nakukuha ang ROA1_HUMAN sequence mula sa swiss index at isinusulat ito bilang fasta format sa STDOUT.

Opsyon

-fmt - Fasta (default), swiss o EMBL
-dir - direktoryo kung saan matatagpuan ang mga index file
(i-override ang BIOPERL_INDEX environment variable)

Mga opsyon para sa ekspertong paggamit

-uri - uri ng DBM_file.
(i-override ang BIOPERL_INDEX_TYPE na variable ng kapaligiran)
-v - iulat ang bawat pagdaragdag ng index (pag-debug)

Kapaligiran

bp_index at bp_fetch coordinate kung saan matatagpuan ang mga database gamit ang variable ng kapaligiran
BIOPERL_INDEX. Maaari itong ma-override gamit ang -dir na opsyon. Walang default na halaga, kaya
dapat mong gamitin ang -dir na opsyon o itakda ang BIOPERL_INDEX.

Ang uri ng DB ay pinag-ugnay sa BIOPERL_INDEX_TYPE na kung wala ito, magiging default sa
anuman ang na-install ng mga bioperl module, na mismong nagde-default sa SDBM_File.

GAMIT IT ANG SARILI MO

Ang bp_index.pl ay isang script na nagtutulak sa mga module ng Index. Kung gusto mong gamitin ang script na ito
mabigat sa iyong trabaho, kung ito ay batay sa Perl, halos tiyak na mas mahusay na tingnan ang
code sa script na ito at kopyahin ito sa kabuuan (marahil mas malamang na gusto mong gamitin
ang bp_fetch code).

PAGPAPALAW IT

Ang bp_index ay isang pambalot lamang sa mga mahuhusay na Index module ni James Gilbert na matatagpuan sa bioperl

Feedback

Mailing Mga Listahan
Ang feedback ng user ay isang mahalagang bahagi ng ebolusyon nito at ng iba pang mga module ng Bioperl. Ipadala
ang iyong mga komento at suhestiyon ay mas mabuti sa mailing list ng Bioperl. Ang iyong pakikilahok
ay labis na pinahahalagahan.

[protektado ng email] - Pangkalahatang talakayan
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tungkol sa mga mailing list

Pag-uulat Bug
Mag-ulat ng mga bug sa Bioperl bug tracking system upang matulungan kaming subaybayan ang mga bug at ang mga ito
resolusyon. Maaaring isumite ang mga ulat ng bug sa pamamagitan ng web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTHOR - Ewan Birney

Ewan Birney[protektado ng email]>

Gamitin ang bp_indexp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net