Ito ang command na bp_mask_by_searchp na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
bp_mask_by_search - (mga) pagkakasunud-sunod ng mask batay sa mga resulta ng pagkakahanay nito
SINOPSIS
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls > maskedgenome.fa
DESCRIPTION
Mask sequence batay sa makabuluhang pagkakahanay ng isa pang sequence. Kailangan mong magbigay
ang file ng ulat at ang buong data ng sequence na gusto mong i-mask. Bilang default, ito ay
ipagpalagay na nakagawa ka ng isang TBLASTN (o TFASTY) at subukan at i-mask ang pagkakasunod-sunod ng hit sa pag-aakalang
ibinigay mo ang sequence file para sa hit database. Kung gusto mong gawin ang
baligtarin at i-mask ang pagkakasunud-sunod ng query tukuyin ang -t/--type na flag ng query.
Ito ay mababasa sa buong sequence file sa memorya kaya para sa malalaking genome na ito ay maaaring
nahulog. Gumagamit ako ng DB_File upang maiwasan ang pagpapanatiling lahat sa memorya, ang isang solusyon ay ang
hatiin ang genome sa mga piraso (BAGO mo patakbuhin ang paghahanap sa DB, gusto mong gamitin ang
eksaktong file na iyong BLASTed bilang input sa program na ito).
Sa ibaba ng double dash (--) na mga opsyon ay nasa anyong --format=fasta o --format fasta o ikaw
masasabi lang -f fasta
Sa pamamagitan ng -f/--format ang ibig kong sabihin ay alinman sa mga katanggap-tanggap na opsyon. Ang =s o =n o =c ay tumutukoy sa mga ito
inaasahan ng mga argumento ang isang 'string'
Pagpipilian:
-f/--format=s Format ng ulat sa paghahanap (fasta, blast, axt, hmmer, atbp)
-sf/--sformat=s Format ng sequence (fasta,genbank,embl,swissprot)
--hardmask (booelean) Hard mask ang sequence
gamit ang maskchar [default ay lowercase mask]
--maskchar=c Character na itatakpan ng [default ay N], baguhin
hanggang 'X' para sa mga sequence ng protina
-e/--value=n Evaluate cutoff para sa mga HSP at Hit, lang
mask sequence kung ang alignment ay may tinukoy na evalue
o mas mabuti
-o/--labas/
--outfile=file Output file upang i-save ang masked sequence sa.
-t/--type=s Alignment seq type na gusto mong i-mask, ang
'hit' o ang 'query' sequence. [default ay 'hit']
--minlen=n Pinakamababang haba ng isang HSP para magamit ito
sa masking [default 0]
-h/--help Tingnan ang impormasyon ng tulong na ito
AUTHOR - Jason Stajich
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Gamitin ang bp_mask_by_searchp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net