Ito ang command na bp_pairwise_kaksp na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
bp_pairwise_kaks - script para kalkulahin ang pairwise Ka,Ks para sa isang set ng mga sequence
SINOPSIS
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] [-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
DESCRIPTION
Ang script na ito ay kukuha bilang input ng isang dataset ng cDNA sequence verify
na wala silang mga stop codon, ihanay ang mga ito sa espasyo ng protina,
i-proyekto ang pagkakahanay pabalik sa cDNA at tantiyahin ang Ka
(non-synonymous) at Ks (synonymous) substitutions batay sa ML
paraan ng Yang kasama ang PAML package.
Nangangailangan ng:
* pakete na pinapatakbo ng bioperl
* PAML program codeml o yn00
* Maramihang mga sequence alignment program na Clustalw O T-Coffee
Kadalasan may mga partikular na partikular na parameter na gusto mong patakbuhin kapag ikaw
isang computing Ka/Ks ratios kaya isaalang-alang ang script na ito ng panimulang punto at
huwag umasa dito sa bawat sitwasyon.
Feedback
Mailing Mga Listahan
Ang feedback ng user ay isang mahalagang bahagi ng ebolusyon nito at ng iba pang mga module ng Bioperl. Ipadala
ang iyong mga komento at suhestiyon ay mas mabuti sa mailing list ng Bioperl. Ang iyong pakikilahok
ay labis na pinahahalagahan.
[protektado ng email] - Pangkalahatang talakayan
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tungkol sa mga mailing list
Pag-uulat Bug
Mag-ulat ng mga bug sa Bioperl bug tracking system upang matulungan kaming subaybayan ang mga bug at ang mga ito
resolusyon. Maaaring isumite ang mga ulat ng bug sa pamamagitan ng web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Gamitin ang bp_pairwise_kaksp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
