cluster3 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cluster3 — Eisen-clustering ng microarray data

SINOPSIS

kumpol3 [-f filename] [-l 0|1] [-u pangalan ng trabaho] [-g [0..9]] [-e [0..9]] [-m [msca]] [-k
numero] [-s 0|1] [-x numero] [-y numero]

Opsyon

-h--tulong Ipakita ang buod ng mga opsyon.

-f filename
paglalagay ng file

-u pangalan ng trabaho
Binibigyang-daan kang tumukoy ng ibang pangalan para sa mga output file (default ay nagmula
mula sa pangalan ng input file)

-l 0 | 1 Tinutukoy kung i-log-transform ang data (default ay 0, walang log-transform)

-k numero Tinutukoy kung tatakbo ang k-means clustering sa halip na hierarchical clustering,
at ang bilang ng mga cluster k na gagamitin (default: 0)

-x numero Tinutukoy ang pahalang na dimensyon ng SOM grid (default: 2)

-y numero Tinutukoy ang patayong dimensyon ng SOM grid (default: 1)

-s 0 | 1 Tinutukoy kung kakalkulahin ang isang SOM sa halip na hierarchical clustering
(default: 0)

-v --bersyon
Ipakita ang bersyon ng programa.

-g [0..9] Tinutukoy ang sukat ng distansya para sa pag-cluster ng gene 0: Walang gene clustering 1:
Uncentered correlation 2: Pearson correlation 3: Uncentered correlation, absolute value 4:
Pearson correlation, absolute value 5: Spearman's rank correlation 6: Kendall's tau 7:
Euclidean distance 8: Harmonically summed Euclidean distance 9: City-block distance
(default: 1)

-e [0..9] Tinutukoy ang sukat ng distansya para sa microarray clustering 0: Walang clustering 1:
Uncentered correlation 2: Pearson correlation 3: Uncentered correlation, absolute value 4:
Pearson correlation, absolute value 5: Spearman's rank correlation 6: Kendall's tau 7:
Euclidean distance 8: Harmonically summed Euclidean distance 9: City-block distance
(default: 0)

-m [msca] Tinutukoy kung aling hierarchical clustering method ang gagamitin m: Pairwise complete-
linkage s: Pairwise single-linkage c: Pairwise centroid-linkage a: Pairwise average-
linkage (default: m)

Gumamit ng cluster3 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net