compstruct - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

compstruct - kalkulahin ang katumpakan ng mga hula ng pangalawang istraktura ng RNA

SINOPSIS

compstruct [mga pagpipilian] trusted_file test_file

DESCRIPTION

compstruct sinusuri ang katumpakan ng mga hula ng pangalawang istraktura ng RNA, sa isang per-
base-pair na batayan. Ang trusted_file naglalaman ng isa o higit pang mga sequence na may pinagkakatiwalaang (kilalang) RNA
pangalawang istraktura na anotasyon. Ang test_file naglalaman ng parehong mga pagkakasunud-sunod, sa pareho
order, na may hinulaang anotasyon ng pangalawang istraktura ng RNA. compstruct binabasa ang mga istruktura
at inihahambing ang mga ito, at kinakalkula ang parehong sensitivity (ang bilang ng mga tunay na pares ng base na iyon
ay wastong hinulaang) at ang pagtitiyak (positibong predictive value, ang bilang ng
hinulaang mga pares ng base na totoo). Iniuulat ang mga resulta para sa bawat indibidwal na pagkakasunud-sunod,
at sa buod para sa lahat ng mga pagkakasunod-sunod na magkakasama.

Ang parehong mga file ay dapat maglaman ng pangalawang structure na anotasyon sa WUSS notation. SELEX lang at
Sinusuportahan ng mga format ng Stockholm ang markup ng istraktura sa kasalukuyan.

Ang default na kahulugan ng isang wastong hinulaang base pair ay ang isang tunay na pares (i,j) ay dapat
eksaktong tumutugma sa isang hinulaang pares (i,j).

Mathews, Zuker, Turner at mga kasamahan (tingnan ang: Mathews et al., JMB 288:911-940, 1999) ay gumagamit ng isang
mas maluwag na kahulugan. Tinukoy ni Mathews ang "tama" tulad ng sumusunod: ang tunay na pares (i,j) ay
wastong hinulaang kung alinman sa mga sumusunod na pares ang hinulaang: (i,j), (i+1,j), (i-1,j),
(i,j+1), o (i,j-1). Binibigyang-daan ng panuntunang ito ang "mga nadulas na helice" ng isang base. Ang -m
Isinasaaktibo ng opsyon ang panuntunang ito para sa parehong sensitivity at para sa specificity. Para sa pagtitiyak, ang
ang panuntunan ay binaligtad: ang hinulaang pares (i,j) ay itinuturing na totoo kung ang tunay na istraktura
naglalaman ng isa sa limang pares (i,j), (i+1,j), (i-1,j), (i,j+1), o (i,j-1).

Opsyon

-h Mag-print ng maikling tulong; kasama ang numero ng bersyon at buod ng lahat ng mga opsyon, kabilang ang
mga opsyon ng eksperto.

-m Gamitin ang Mathews relaxed accuracy rule (tingnan sa itaas), sa halip na mangailangan ng eksakto
hula ng mga pares ng base.

-p Bilangin ang mga pseudoknotted na pares ng base patungo sa katumpakan, alinman sa pinagkakatiwalaan o hinulaang
mga istruktura. Bilang default, binabalewala ang mga pseudoknot.

Karaniwan, tanging ang trusted_file magkakaroon ng pseudoknot annotation, dahil karamihan sa RNA
hindi hinuhulaan ng mga programang panghuhula ng pangalawang istraktura ang mga pseudoknot. Gamit ang -p
ang opsyon ay nagbibigay-daan sa iyo na parusahan ang programa ng paghula para sa hindi paghula na kilala
mga pseudoknot. Sa isang kaso kung saan pareho ang trusted_file at ang test_file mayroon
pseudoknot annotation, ang -p Hinahayaan ka ng opsyon na magbilang ng mga pseudoknot sa pagsusuri ng
katumpakan ng hula. Mag-ingat, gayunpaman, ang kaso kung saan gumagamit ka ng pseudoknot-capable
programa ng hula upang makabuo ng test_file, ngunit ang trusted_file wala
pseudoknot na anotasyon; sa kasong ito, -p ay magpaparusa sa anumang hinulaang mga pseudoknot
kapag kinakalkula nito ang pagtitiyak, kahit na tama ang mga ito, dahil hindi lumalabas ang mga ito
ang pinagkakatiwalaang anotasyon; malamang na hindi ito ang gusto mong gawin.

EXPERT Opsyon

--impormasyon
Tukuyin na ang dalawang sequence file ay nasa format . In ito kaso, kapwa file
dapat be in ang pareho pormat. Ang default ay ang autodetect ang mga format ng file, kung saan
kaso maaaring magkaiba sila (isang SELEX, isang Stockholm).

--tahimik
Huwag mag-print ng anumang verbose header na impormasyon.

Gumamit ng compstruct online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net