Ito ang command coverageCount na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
coverageCount - pagbibilang ng saklaw ng mga nakamapang nabasa sa bawat lokasyon sa kabuuan
sangguniang genome
DESCRIPTION
coverageCount Bersyon 1.5.0-p1
Kinakalkula ng program na ito ang saklaw ng mga nakamapang nabasa sa bawat lokasyon sa
ang reference na genome. Bumubuo ito ng binary file para sa bawat chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng
mga antas ng saklaw bilang 4-bytes na mga numero ng integer.
Paggamit
coverageCount [mga opsyon] -i -o
Mga kinakailangang argumento:
-i
Pangalan ng input file sa SAM o BAM na format.
-o
Prefix ng mga output file. Ang bawat output file ay naglalaman ng Four-byte integer na numero
Opsyonal na mga argumento:
--maxMOp Maximum na bilang ng 'M' na pagpapatakbo na pinapayagan sa isang string ng CIGAR.
10 bilang default. Ang parehong 'X' at '=' ay itinuturing bilang 'M' at ang mga katabing 'M' na operasyon ay
pinagsama sa string ng CIGAR.
coverageCount Bersyon 1.5.0-p1
Kinakalkula ng program na ito ang saklaw ng mga nakamapang nabasa sa bawat lokasyon sa
ang reference na genome. Bumubuo ito ng binary file para sa bawat chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng
mga antas ng saklaw bilang 4-bytes na mga numero ng integer.
Paggamit
coverageCount [mga opsyon] -i -o
Mga kinakailangang argumento:
-i
Pangalan ng input file sa SAM o BAM na format.
-o
Prefix ng mga output file. Ang bawat output file ay naglalaman ng Four-byte integer na numero
Opsyonal na mga argumento:
--maxMOp Maximum na bilang ng 'M' na pagpapatakbo na pinapayagan sa isang string ng CIGAR.
10 bilang default. Ang parehong 'X' at '=' ay itinuturing bilang 'M' at ang mga katabing 'M' na operasyon ay
pinagsama sa string ng CIGAR.
Gamitin ang coverageCount online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
