Ito ang command createBackboneMFA na maaaring patakbuhin sa OnWorks free hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
addUnalignedIntervals - bahagi ng mauveAligner package
alignmentProjector - bahagi ng mauveAligner package
backbone_global_to_local - bahagi ng mauveAligner package
bbAnalyze - bahagi ng mauveAligner package
createBackboneMFA - bahagi ng mauveAligner package
getAlignmentWindows - bahagi ng mauveAligner package
getOrthologList - bahagi ng mauveAligner package
makeBadgerMatrix - bahagi ng mauveAligner package
mauveToXMFA - bahagi ng mauveAligner package
mfa2xmfa - bahagi ng mauveAligner package
projectAndStrip - bahagi ng mauveAligner package
randomGeneSample - bahagi ng mauveAligner package
scoreAlignment - bahagi ng mauveAligner package
stripGapColumns - bahagi ng mauveAligner package
stripSubsetLCBs - bahagi ng mauveAligner package
toGrimmFormat - bahagi ng mauveAligner package
toMultiFastA - bahagi ng mauveAligner package
toRawSequence - bahagi ng mauveAligner package
uniqueMerCount - bahagi ng mauveAligner package
uniquifyTrees - bahagi ng mauveAligner package
xmfa2maf - bahagi ng mauveAligner package
DESCRIPTION
Ang mga tool na ito ay nabibilang sa mauveAligner package. Ang mga ito ay hindi tahasang dokumentado ngunit
ay nagpi-print ng linya ng synopsis na inuulit dito.
addUnalignedIntervals <input agwat file> <output agwat file>
alignmentProjector <input xmfa> <output xmfa> <mfa seq input> <mfa seq output> <listahan of
seqs sa isama, simula at 0>
backbone_global_to_local <xmfa file> < backbone file> <output file>
bbPag-aralan <xmfa file> <gabay puno> < backbone seqpos file> < backbone co file> <annotated
seq index> <output file>
Ang annotated seq index ay nagsisimula sa 0.
createBackboneMFA <input agwat file> <output MFA pangalan>
getAlignmentWindows <XMFA pagkakahanay> <window haba> <window ilipat halaga> <base output
filename>
getOrthologList getOrthologList <input xmfa> < backbone seq file> <reference genome> <CDS
ortholog filename> <CDS pagkakahanay base pangalan>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix <input xmfa> <output mabango file> <LCB coordinate file>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Pagkakahanay input> <XMFA output>
mfa2xmfa <MFA pagkakahanay input> <XMFA pagkakahanay output> [Hindi nakahanay MabilisA output]
projectAndStrip <input xmfa> <output xmfa> ...
Ang mga pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod ng numero ay nagsisimula sa 0.
randomGeneSample <input xmfa> < backbone seq file> <sample genome> <numero of genes>
<output base pangalan> [random buto]
scoreAlignment <tama pagkakahanay> <kinakalkula pagkakahanay> [nag-evolve pagkakasunud-sunod file] [slagan]
stripGapColumns <input XMFA> <output XMFA>
stripSubsetLCBs <input xmfa> <input bbcols> <output xmfa> [min AML laki] [min genome]
[random lang subsample sa X kb]
saGrimmFormat <Mauve Pag-align> <genome 1 chr haba>... N chr haba>
saMultiFastA <input agwat file> <output base pangalan>
toRawSequence <input pagkakasunod-sunod> <output file>
uniqueMerCount <Inayos Mag-asawa Listahan>
uniquifyTrees <nexus input file> <nexus output file>
Ang lahat ng mga puno sa input file ay dapat magkaroon ng parehong bilang ng taxa at parehong taxon
mga label
xmfa2maf <xmfa input> <maf output>
Gamitin ang createBackboneMFA online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net