dawg - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

dawg - DNA assembly na may gaps, isang DNA sequence simulator

DESCRIPTION

dawg 1.2-release DNA Assembly With Gaps Copyright © 2004-2009 Reed A. Cartwright

dosis -[scubavhqew?] [-o outputfile] file1 [file2...]

-s: iproseso ang mga file nang serial [default]

-c: iproseso ang mga file na pinagsama-sama

-u: walang buffer na output

-b: buffered na output [default]

-q: huwag paganahin ang mga ulat ng error at babala (tahimik)

-e: paganahin ang mga ulat ng error [default]

-w: paganahin ang mga ulat ng babala [default]

-v: ipakita ang impormasyon ng bersyon

-h: ipakita ang impormasyon ng tulong

-?: katulad ng -h

-o outputfile: i-override ang output filename sa configuration file

Babasahin ni Dawg ang stdin kung ang filename ay "-".

FORMAT NG FILE

Ang format ng file ay tumatagal ng isang serye ng mga pahayag sa anyo ng "pangalan = halaga," kung saan
Ang "pangalan" ay alphanumeric at ang value ay maaaring isang string, numero, boolean, tree, o vector
ng mga halaga. Ang isang variable ay katumbas ng isang vector ng isang entry.

string: "[char-sequence]"

'[char-sequence]' """ [multi-line char-sequence]""" (rm mga inisyal at huling bagong linya)
'''[multi-line char-sequence]''' (kp inisyal at huling mga bagong linya)

numero: [sign]digit[.digit][(e|E)[sign]digit] boolean: true|false tree: Newick
Format ng vector: { value, value, ...}

Opsyon

Paglalarawan ng Uri ng Pangalan

---------------------------------

Tree VT phylogeny

TreeScale
N koepisyent upang sukatin ang haba ng sangay ayon sa

Pagkakasunud-sunod
VS root sequence

Haba VN haba ng nabuong mga sequence ng ugat

Mga rate ng VVN rate ng ebolusyon ng bawat root nucleotide

Model S na modelo ng ebolusyon: GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN

Mga frequency ng VN nucleotide (ACGT) na mga frequency

Params VN parameter para sa modelo ng ebolusyon

Lapad N block width para sa indels at recombination

Scale VN block position scales

Gamma VN coefficients ng variance para sa rate heterogenity

Mga parameter ng hugis ng Alpha VN

Iota VN na mga proporsyon ng mga invariant na site

GapModel
Mga modelo ng VS ng pagbuo ng indel: NB|PL|US

Lambda VN rate ng pagbuo ng indel

GapParams
VVN parameter para sa indel model

Reps N bilang ng mga set ng data sa output

File S output file

Format S output format: Fasta|Nexus|Phylip|Clustal

GapSingleChar
B output gaps bilang isang character

GapPlus
B nakikilala ang mga pagpapasok mula sa mga pagtanggal sa pagkakahanay

KeepFlank
N hindi matatanggal na flanking na mga rehiyon N nucs mula sa pagkakasunud-sunod

KeepEmpty
B panatilihin ang mga walang laman na column sa huling pagkakahanay

LowerCase
B output sequences sa lowercase

isalin
Isalin ni B ang mga na-output na sequence sa mga amino acid

Seed VN pseudo-random-number-generator seed (mga integer)

Out.Harang.Ulo
S string na ilalagay sa simula ng output

Out.Block.Tail
S string na ilalagay sa dulo ng output

Out.Block.Bago ang S
string na ilalagay bago ang isang sequence na itinakda sa output

Out.Block.After
S string na ilalagay pagkatapos ng isang sequence na itinakda sa output

Out.Subst
B gawin ang variable subsitution sa Out.Block.*

Gumamit ng dawg online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net