em_conse - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cons - Gumawa ng consensus sequence mula sa maramihang alignment

SINOPSIS

cons -pagkakasunod-sunod seqset [-datafile matris] [-pluralidad lumutang] [-pagkakakilanlan kabuuan]
[-setcase lumutang] -outseq seqout [-yam pisi]

cons -tulong

DESCRIPTION

cons ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open Software
Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Alignment:Consensus."

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqset
File na naglalaman ng pagkakahanay ng sequence.

-datafile matris
Ito ang scoring matrix file na ginagamit kapag naghahambing ng mga sequence. Bilang default ito ay ang
file na 'EBLOSUM62' (para sa mga protina) o ang file na 'EDNAFULL' (para sa mga nucleic sequence). Ang mga ito
Ang mga file ay matatagpuan sa direktoryo ng 'data' ng pag-install ng EMBOSS.

karagdagan seksyon
-pluralidad lumutang
Magtakda ng cut-off para sa bilang ng mga positibong tugma sa ibaba kung saan walang pinagkasunduan.
Ang default na plurality ay kinuha bilang kalahati ng kabuuang timbang ng lahat ng mga sequence sa
pagkakahanay. Default na halaga: @( $(sequence.totweight) / 2)

-pagkakakilanlan kabuuan
Nagbibigay ng pasilidad ng pagtatakda ng kinakailangang bilang ng mga pagkakakilanlan sa isang site para dito
magbigay ng consensus sa posisyong iyon. Samakatuwid, kung ito ay nakatakda sa bilang ng
ang mga pagkakasunud-sunod sa pagkakahanay ay mga hanay lamang ng mga pagkakakilanlan ang nag-aambag sa pinagkasunduan.

-setcase lumutang
Itinatakda ang threshold para sa mga positibong tugma sa itaas kung saan ang consensus ay upper-case
at sa ibaba kung saan ang consensus ay nasa lower-case. Default na halaga: @(
$(sequence.totweight) / 2)

Pagbubuhos seksyon
-outseq seqout

-yam pisi

Gamitin ang em_conse online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net