Ito ang command na epestfinde na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
epestfind - Nakahanap ng mga motif ng PEST bilang mga potensyal na proteolytic cleavage site
SINOPSIS
epestfind -pagkakasunod-sunod pagkakasunud-sunod [-mwdata datafile] -bintana kabuuan -utos pagpili
[- threshold lumutang] -mono boolean -potensyal boolean -mahihirap boolean
-hindi wasto boolean -mapa boolean -outfile outfile -graph xygraph
epestfind -tulong
DESCRIPTION
epestfind ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Protein:Motifs".
Opsyon
input seksyon
-pagkakasunod-sunod pagkakasunud-sunod
Protein sequence USA na susuriin.
-mwdata datafile
Default na halaga: Emolwt.dat
Kailangan seksyon
-bintana kabuuan
Minimal na distansya sa pagitan ng mga amino acid na may positibong charge. Default na halaga: 10
-utos pagpili
Pangalan ng output file na nagtataglay ng mga resulta ng pagsusuri. Maaaring pagbukud-bukurin ang mga resulta
ayon sa haba, posisyon at puntos. Default na halaga: puntos
karagdagan seksyon
- threshold lumutang
Halaga ng threshold para madiskrimina ang mahina mula sa mga potensyal na motif ng PEST. Ang mga wastong motif ng PEST ay
diskriminasyon sa 'mahihirap' at 'potensyal' na motif depende sa threshold na markang ito. Sa pamamagitan ng
default, ang default na halaga ay nakatakda sa +5.0 batay sa pang-eksperimentong data. Ang mga pagbabago ay
hindi inirerekomenda dahil ang kahalagahan ay isang bagay ng biology, hindi matematika. Default
halaga: +5.0
Advanced seksyon
-mono boolean
Default na halaga: N
-potensyal boolean
Magpasya kung ang mga potensyal na motif ng PEST ay dapat i-print. Default na halaga: Y
-mahihirap boolean
Magpasya kung ang mga mahihirap na motif ng PEST ay dapat i-print. Default na halaga: Y
-hindi wasto boolean
Magpasya kung ang mga di-wastong motif ng PEST ay dapat i-print. Default na halaga: N
-mapa boolean
Magpasya kung ang mga motif ng PEST ay dapat imapa sa pagkakasunud-sunod. Default na halaga: Y
Pagbubuhos seksyon
-outfile outfile
Pangalan ng file kung saan isusulat ang mga resulta.
-graph xygraph
Gamitin ang epestfinde online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net