Ito ang command na fastq-multx na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
fastq-multx - ea-utils: palitan ang % ng barcode id sa barcodes file
SINOPSIS
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [mate.fq -o r2.%.fq] ...
DESCRIPTION
fastq-multx: di-wastong opsyon -- 'h' Hindi alam na opsyon `-h'.
Bersyon: 1.02.684
Ang mga output na file ay dapat maglaman ng tanda na '%' na pinapalitan ng barcode id sa mga barcode
file. Ang output file ay maaaring n/a upang itapon ang kaukulang data (gamitin ito para sa barcode
basahin)
Barcodes file (-B) ganito ang hitsura:
...
Default ay hulaan ang -mangkok or -eol batay sa malinaw na istatistika.
If -g ay ginagamit, kung gayon ang parameter nito ay isang index lane, at ang mga madalas na nangyayaring sequence ay
ginagamit.
If -l ay ginagamit pagkatapos ang lahat ng barcode sa file ay sinubukan, at ang *grupo* na may *pinaka*
pinipili ang mga laban.
Nakagrupong barcode file (-l or -L) ganito ang hitsura:
...
Ang mated reads, kung ibibigay, ay pinananatiling in-sync
Opsyon
-o FIL1 Output file (isa sa bawat input, kinakailangan) -g SEQFIL Tukuyin ang mga barcode mula sa
na-index basahin ang SEQFIL -l BCFIL Tukuyin ang mga barcode mula sa anumang nabasa, gamit ang BCFIL bilang master
listahan -L BCFIL Tukuyin ang mga barcode mula sa , gamit ang BCFIL bilang master list -B BCFIL
Gumamit ng mga barcode mula sa tinukoy na file, huwag magpatakbo ng hakbang sa pagpapasiya -b Pilitin
simula ng linya (5') para sa pagtutugma ng barcode -e Pilitin ang dulo ng linya (3') para sa batcode
pagtutugma -t NUM Hatiin ang threshold para sa awtomatikong pagtukoy sa pamamagitan ng salik na NUM (1), > 1 = higit pa
maramdamin -G NAME Gumamit ng (mga) pangkat na tumutugma sa NAME lamang -x Huwag putulin ang mga barcode
bago isulat ang patutunguhan -n Huwag i-execute, i-print lang ang malamang na listahan ng barcode
-v C I-verify na ang kaparehas na id ay tumutugma sa karakter C (Gamitin ang ' ' para sa illumina) -m N
Pahintulutan ang hanggang N hindi pagkakatugma, hangga't natatangi ang mga ito (1) -d N Nangangailangan ng pinakamababa
distansya ng N sa pagitan ng pinakamahusay at susunod na pinakamahusay (2) -q N Mangangailangan ng pinakamababang phred
kalidad ng N para tumanggap ng barcode base (0)
Gumamit ng fastq-multx online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net