fastqc - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

FastQC - mataas na throughput sequence QC analysis tool

SINOPSIS

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam]

[-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

DESCRIPTION

Nagbabasa ang FastQC ng isang set ng sequence files at gumagawa mula sa bawat isa ng quality control
ulat na binubuo ng iba't ibang mga module, na ang bawat isa ay makakatulong sa
tumukoy ng ibang potensyal na uri ng problema sa iyong data.

Kung walang mga file na ipoproseso ang tinukoy sa command line, gagawin ng programa
magsimula bilang isang interactive na graphical na application. Kung ang mga file ay ibinigay sa
command line pagkatapos ay tatakbo ang program nang walang kinakailangang pakikipag-ugnayan ng user. Dito sa
mode ito ay angkop para sa pagsasama sa isang standardized analysis pipeline.

Ang mga pagpipilian para sa programa tulad ng sumusunod:

-h - Tumulong
I-print ang help file na ito at lumabas

-v --bersyon
I-print ang bersyon ng programa at lumabas

-o --labas
Lumikha ng lahat ng mga file ng output sa tinukoy na direktoryo ng output. Mangyaring tandaan na ito
dapat umiral ang direktoryo dahil hindi ito gagawa ng program. Kung hindi nakatakda ang opsyong ito
pagkatapos ay ang output file para sa bawat sequence file ay nilikha sa parehong direktoryo bilang ang
sequence file na naproseso.

--kabao
Ang mga file ay nagmula sa hilaw na casava output. Mga file sa parehong sample na grupo (naiiba lang
sa pamamagitan ng numero ng pangkat) ay susuriin bilang isang set sa halip na indibidwal. Mga pagkakasunud-sunod
na may filter na flag na nakatakda sa header ay hindi isasama sa pagsusuri. Mga file
dapat magkaroon ng parehong mga pangalan na ibinigay sa kanila ng casava (kabilang ang pag-gzip at
nagtatapos sa .gz) kung hindi, hindi sila pagsasama-samahin nang tama.

--extract
Kung nakatakda, ang naka-zip na output file ay hindi ma-compress sa parehong direktoryo pagkatapos
ito ay nilikha. Bilang default, ang pagpipiliang ito ay itatakda kung ang fastqc ay tatakbo
non-interactive na mode.

-j --java
Nagbibigay ng buong landas sa java binary na gusto mong gamitin upang ilunsad ang fastqc. Kung hindi
ibinibigay pagkatapos ang java ay ipinapalagay na nasa iyong landas.

--noextract
Huwag i-uncompress ang output file pagkatapos itong gawin. Dapat mong itakda ang opsyong ito kung
hindi mo nais na i-uncompress ang output kapag tumatakbo sa non-interactive na mode.

--walang grupo
Huwag paganahin ang pagpapangkat ng mga base para sa mga pagbabasa >50bp. Ang lahat ng mga ulat ay magpapakita ng data para sa bawat
base sa binasa. BABALA: Ang paggamit sa opsyong ito ay magiging sanhi ng pag-crash at pagkasunog ng fastqc
kung gagamitin mo ito sa talagang mahahabang pagbabasa, at ang iyong mga plot ay maaaring maging katawa-tawa na laki.
Binalaan ka!

-f --format
Nilalampasan ang normal na pagkakasunod-sunod na pagtukoy ng format ng file at pinipilit ang program na gamitin
ang tinukoy na format. Ang mga wastong format ay bam,sam,bam_mapped,sam_mapped at fastq

-t --mga thread
Tinutukoy ang bilang ng mga file na maaaring iproseso nang sabay-sabay. Bawat thread
ay ilalaan ng 250MB ng memorya kaya hindi ka dapat magpatakbo ng higit pang mga thread kaysa sa iyong
ang magagamit na memorya ay makayanan, at hindi hihigit sa 6 na mga thread sa isang 32 bit na makina

-c Tinutukoy ang isang hindi default na file na naglalaman ng listahan ng

--contaminants
mga contaminant upang i-screen laban sa mga overrepresented na pagkakasunud-sunod. Dapat naglalaman ang file
hanay ng mga pinangalanang contaminant sa pagkakasunod-sunod ng pangalan[tab] ng form. Mga linyang may prefix na a
hindi papansinin ang hash.

-k --kmers
Tinutukoy ang haba ng Kmer na hahanapin sa module ng nilalaman ng Kmer. Tinukoy na Kmer
ang haba ay dapat nasa pagitan ng 2 at 10. Ang default na haba ay 5 kung hindi tinukoy.

-q --tahimik
Pigilan ang lahat ng mga mensahe ng pag-unlad sa stdout at mag-ulat lamang ng mga error.

Gamitin ang fastqc online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net