Ito ang command na fastx_quality_stats na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
fastx_quality_stats - FASTX Statistics
DESCRIPTION
paggamit: fastx_quality_stats [-h] [-N] [-i INFILE] [-o OUTFILE] Bahagi ng FASTX Toolkit 0.0.14
ni A. Gordon ([protektado ng email])
[-h] = Ang nakakatulong na screen ng tulong na ito. [-i INFILE] = FASTQ input file. default ay
STDIN. [-o OUTFILE] = TEXT output file. ang default ay STDOUT. [-N] = Bago
format ng output (na may higit pang impormasyon sa bawat nucleotide/cycle).
Ang *MATANDA* output TEXT file habilin mayroon ang sumusunod patlang (isa hilera para column):
column = numero ng column (1 hanggang 36 para sa isang 36-cycle na read solexa file)
count = bilang ng mga base na matatagpuan sa column na ito.
min = Pinakamababang halaga ng marka ng kalidad na makikita sa column na ito.
max = Pinakamataas na halaga ng marka ng kalidad na makikita sa column na ito.
kabuuan = Kabuuan ng mga halaga ng marka ng kalidad para sa column na ito.
mean = Mean na halaga ng marka ng kalidad para sa column na ito.
Q1 = 1st quartile na marka ng kalidad.
med = Median na marka ng kalidad.
Q3 = 3rd quartile na marka ng kalidad.
IQR = Inter-Quartile range (Q3-Q1).
lW = 'Left-Whisker' na halaga (para sa boxplotting).
rW = 'Right-Whisker' na halaga (para sa boxplotting).
A_Count = Bilang ng 'A' na mga nucleotide na matatagpuan sa column na ito. C_Count = Bilang ng 'C'
mga nucleotide na matatagpuan sa column na ito. G_Count = Bilang ng 'G' na mga nucleotide na matatagpuan dito
hanay. T_Count = Bilang ng 'T' na mga nucleotide na matatagpuan sa column na ito. N_Count = Bilang
ng 'N' nucleotides na matatagpuan sa column na ito. max-count = max. bilang ng mga base (sa lahat
siklo)
Ang * BAGONG * output format:
cycle (dating tinatawag na 'column') = cycle number max-count Para sa bawat nucleotide sa
ang cycle (LAHAT/A/C/G/T/N):
count = bilang ng mga base na matatagpuan sa column na ito.
min = Pinakamababang halaga ng marka ng kalidad na makikita sa column na ito.
max = Pinakamataas na halaga ng marka ng kalidad na makikita sa column na ito.
kabuuan = Kabuuan ng mga halaga ng marka ng kalidad para sa column na ito.
mean = Mean na halaga ng marka ng kalidad para sa column na ito.
Q1 = 1st quartile na marka ng kalidad.
med = Median na marka ng kalidad.
Q3 = 3rd quartile na marka ng kalidad.
IQR = Inter-Quartile range (Q3-Q1).
lW = 'Left-Whisker' na halaga (para sa boxplotting).
rW = 'Right-Whisker' na halaga (para sa boxplotting).
Gumamit ng fastx_quality_stats online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
