Ito ang command gaeval na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gaeval - kalkulahin ang saklaw at mga marka ng intergrity para sa mga modelo ng gene batay sa transcript
mga pagkakahanay
SINOPSIS
gaeval [pagpipilian] alignments.gff3 genes.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIPTION
Pangunahing mga pagpipilian:
-h|--tulong
i-print ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
-v|--bersyon
i-print ang numero ng bersyon at lumabas
Mga timbang para sa pagkalkula ng marka ng integridad (dapat magdagdag ng hanggang 1.0):
-a|--alpha: DOBLE
kinumpirma ng mga intron, o % inaasahang haba ng CDS para sa mga single-exon na gene; ang default ay 0.6
-b|--beta: DOBLE
saklaw ng exon; ang default ay 0.3
-g|--gamma: DOBLE
% inaasahang 5' UTR ang haba; ang default ay 0.05
-e|--epsilon: DOBLE
% inaasahang 3' UTR ang haba; ang default ay 0.05
Mga inaasahang haba ng feature para sa pagkalkula ng marka ng integridad:
-c|--exp-cds: INT
inaasahang haba ng CDS (sa bp); ang default ay 400
-5|--exp-5putr: INT
inaasahang 5' UTR ang haba; ang default ay 200
-3|--exp-3putr: INT
inaasahang 3' UTR ang haba; ang default ay 100
Gamitin ang gaeval online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
