giira - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

giira - Gene Identification Pinagsasama ang RNA-Seq data at Ambiguous reads

SINOPSIS

giira -iG genomeFile.fasta -iR rnaFile.fastq -libPath

DESCRIPTION

Ang GIIRA (Gene Identification Incorporating RNA-Seq data at Ambiguous reads) ay isang paraan upang
tukuyin ang mga potensyal na rehiyon ng gene sa isang genome batay sa isang pagmamapa at pagsasama ng RNA-Seq
ambiguously mapped reads.

Opsyon

-h : tulong text at exit

-iG [pathToGenomes] : tukuyin ang path sa direktoryo na may mga genome file sa fasta na format

-iR [pathToRna] : tukuyin ang path sa direktoryo na may rna read file sa fastq na format

-mga script [absolutePath] : tukuyin ang ganap na landas sa direktoryo na naglalaman ng
kinakailangang helper script, DEFAULT: direktoryo ng GIIRA.jar

-labas [pathToResults] : tukuyin ang direktoryo na dapat maglaman ng mga file ng resulta

-outName [outputName] : tukuyin ang gustong pangalan para sa mga output file, DEFAULT: genes

-maySam [samfileName]: kung mayroon nang sam file, ibigay ang pangalan, kung hindi, isang pagmamapa
gumanap. TANDAAN: ang parehong file ay kailangang pagbukud-bukurin ayon sa mga nabasang pangalan!

-nT [numberThreads] : tukuyin ang pinakamaraming bilang ng mga thread na pinapayagang gamitin,
DEFAULT: 1

-mT [tophat/bwa/bwasw] : tukuyin ang gustong tool para sa read mapping, DEFAULT: tophat

-mem [int] : tukuyin ang dami ng memory na pinapayagang gamitin ng cplex

-maxReportedHits [int] : kung gumagamit ng BWA bilang mapping tool, tukuyin ang pinakamaraming bilang ng
iniulat na mga hit, DEFAULT: 2

-prokaryote : kung tinukoy, ang genome ay itinuturing bilang prokaryotic, walang mga spliced ​​reads
tinatanggap, at nalutas ang mga istrukturang gene. DEFAULT: n

-minCov [double] : tukuyin ang minimum na kinakailangang saklaw ng pagkuha ng kandidato ng gene,
DEFAULT: -1 (tinatantya mula sa pagmamapa)

-maxCov [double] : opsyonal na pinakamataas na threshold ng saklaw, maaari ding matantya mula sa pagmamapa
(DEFAULT)

-endCov [double] : kung ang saklaw ay mas mababa sa halagang ito, ang kasalukuyang bukas na kandidato
sarado ang gene. Maaaring matantya ang halagang ito mula sa pinakamababang saklaw (-1);
DEFAULT: -1

-dispCov [0/1] : tantyahin (1) ang histogram ng saklaw para sa nabasang pagmamapa, DEFAULT: 0

- pagitan [int] : tukuyin ang pinakamaliit na laki ng isang pagitan sa pagitan ng malapit na mga gene ng kandidato, kung
"-1" ito ay katumbas ng haba ng nabasa. DEFAULT: -1

-splLim [double] : tukuyin ang kaunting saklaw na kinakailangan upang tanggapin ang isang site ng splice,
kung (-1) ang threshold ay katumbas ng minCov, DEFAULT: -1

-rL [int] : tukuyin ang haba ng pagbasa, kung hindi, ang impormasyong ito ay nakuha mula sa SAM file
(DEFAULT)

-samForSequential [pathToSamFile] : kung ninanais na pag-aralan ang mga chromosome sa a
sequential na paraan, magbigay ng chromosome sorted sam file bilang karagdagan sa isa
pinagsunod-sunod ayon sa mga nabasang pangalan, DEFAULT: noSequential

-walangAmbiOpti : kung tinukoy, hindi kasama sa pagsusuri ang hindi malinaw na mga hit

-settingMapper [(listahan ng mga parameter)] : Isang listahan na pinaghihiwalay ng kuwit ng mga gustong parameter
para sa TopHat o BWA. Mangyaring magbigay

para sa bawat parameter isang pares ng indicator at value, na pinaghihiwalay ng isang equality sign.
Tandaan na ang mga parameter ay inilaan para sa 3 magkakaibang bahagi (pag-index, aln, sam) ng BWA
kailangang paghiwalayin ng lowercase na bar

Halimbawa: -settingMapper [-a=is_-t=5,-N_-n=5]

Gumamit ng giira online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net