Ito ang command na gmx-h2order na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-h2order - Kalkulahin ang oryentasyon ng mga molekula ng tubig
SINOPSIS
gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hindi]w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]
DESCRIPTION
gmx h2order kinakalkula ang oryentasyon ng mga molekula ng tubig na may paggalang sa normal ng
kahon. Tinutukoy ng programa ang average na cosine ng anggulo sa pagitan ng dipole moment ng
tubig at isang axis ng kahon. Ang kahon ay nahahati sa mga hiwa at ang average na oryentasyon bawat
naka-print ang slice. Ang bawat molekula ng tubig ay nakatalaga sa isang slice, bawat time frame, batay sa
ang posisyon ng oxygen. Kailan -nm ay ginagamit, ang anggulo sa pagitan ng dipole ng tubig at ng
axis mula sa sentro ng masa hanggang sa oxygen ay kinakalkula sa halip na ang anggulo sa pagitan ng
dipole at isang box axis.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Index file
-nm [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.xvg>] (order.xvg)
xvgr/xmgr file
Iba pang mga opsyon:
-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)
-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file
-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala
-d (z)
Kunin ang normal sa lamad sa direksyon X, Y o Z.
-sl (0)
Kalkulahin ang parameter ng order bilang function ng boxlength, na hinahati ang kahon sa numerong ito
ng mga hiwa.
KILALA MGA ISYU
· Ang programa ay nagtatalaga ng mga buong molekula ng tubig sa isang slice, batay sa unang atom ng tatlo
sa pangkat ng index file. Ipinapalagay nito ang isang order O,H,H. Ang pangalan ay hindi mahalaga, ngunit ang pagkakasunud-sunod
ay. Kung hindi matugunan ang demand na ito, iba ang pagtatalaga ng mga molekula sa mga hiwa.
Gumamit ng gmx-h2order online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
