gmx - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx - molecular dynamics simulation suite

SINOPSIS

gmx [-[hindi]h] [- [walang] tahimik] [-[walang] bersyon] [-[walang] copyright] [-mabait ]
[-[walang] backup]

DESCRIPTION

Ang GROMACS ay isang buong tampok na hanay ng mga programa upang magsagawa ng mga molecular dynamics simulation,
ibig sabihin, upang gayahin ang pag-uugali ng mga system na may daan-daang hanggang milyon-milyong mga particle na gumagamit
Newtonian equation ng paggalaw. Pangunahing ginagamit ito para sa pananaliksik sa mga protina, lipid, at
polymers, ngunit maaaring ilapat sa isang malawak na iba't ibang mga kemikal at biological na pananaliksik
mga tanong.

Opsyon

Iba pang mga opsyon:

-[hindi]h (hindi)
Mag-print ng tulong at huminto

- [walang] tahimik (hindi)
Huwag mag-print ng karaniwang impormasyon sa pagsisimula o mga quote

-[walang] bersyon (hindi)
I-print ang impormasyon ng pinahabang bersyon at huminto

-[walang] copyright (oo)
Mag-print ng impormasyon sa copyright sa startup

-mabait (19)
Itakda ang nicelevel (default ay depende sa command)

-[walang] backup (oo)
Sumulat ng mga backup kung umiiral ang mga output file

GMX UTOS

Ang mga sumusunod na utos ay magagamit. Mangyaring sumangguni sa kanilang mga indibidwal na pahina ng tao o gmx
Tulungan para sa karagdagang detalye.

Trajectory pagsusuri
gmx-gangle(1)
Kalkulahin ang mga anggulo

gmx-distansya(1)
Kalkulahin ang mga distansya sa pagitan ng mga pares ng mga posisyon

gmx-freevolume(1)
Kalkulahin ang libreng volume

gmx-pairdist(1)
Kalkulahin ang magkapares na mga distansya sa pagitan ng mga pangkat ng mga posisyon

gmx-rdf(1)
Kalkulahin ang radial distribution function

gmx-sasa(1)
Compute solvent accessible surface area

gmx-select(1)
Mag-print ng pangkalahatang impormasyon tungkol sa mga seleksyon

Bumubuo mga topolohiya at coordinates
gmx-editconf(1)
I-edit ang kahon at magsulat ng mga subgroup

gmx-x2top(1)
Bumuo ng primitive na topology mula sa mga coordinate

gmx-solvate(1)
Lutasin ang isang sistema

gmx-insert-molecules(1)
Ipasok ang mga molekula sa mga kasalukuyang bakante

gmx-genconf(1)
I-multiply ang isang conform sa 'random' na oryentasyon

gmx-genion(1)
Bumuo ng mga monoatomic ions sa masigasig na paborableng mga posisyon

gmx-genrestr(1)
Bumuo ng mga pagpigil sa posisyon o mga pagpigil sa distansya para sa mga pangkat ng index

gmx-pdb2gmx(1)
I-convert ang mga coordinate file sa topology at FF-compliant na mga coordinate na file

Tumatakbo a kapanggapan
gmx-grompp(1)
Gumawa ng run input file

gmx-mdrun(1)
Magsagawa ng simulation, magsagawa ng normal na mode analysis o pag-minimize ng enerhiya

gmx-convert-tpr(1)
Gumawa ng binagong run-input file

Pagtingin mga trajectory
gmx-nmtraj(1)
Bumuo ng isang virtual na oscillating trajectory mula sa isang eigenvector

gmx-view(1)
Tingnan ang isang tilapon sa isang X-Windows terminal

Pagproseso energies
gmx-enemat(1)
I-extract ang isang energy matrix mula sa isang energy file

gmx-enerhiya(1)
Nagsusulat ng mga enerhiya sa mga xvg file at nagpapakita ng mga average

gmx-mdrun(1)
(Re)kalkulahin ang mga energies para sa mga trajectory frame na may -rerun

Pag-convert file
gmx-editconf(1)
I-convert at manipulahin ang mga structure file

gmx-eneconv(1)
I-convert ang mga file ng enerhiya

gmx-sigeps(1)
I-convert ang mga kumbinasyong c6/12 o c6/cn sa at mula sa sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Pagsamahin ang mga trajectory file

gmx-trjconv(1)
I-convert at manipulahin ang mga trajectory file

gmx-xpm2ps(1)
I-convert ang XPM (XPixelMap) matrice sa postscript o XPM

Kagamitan
gmx-analyze(1)
Pag-aralan ang mga set ng data

gmx-dyndom(1)
I-interpolate at i-extrapolate ang mga pag-ikot ng istraktura

gmx-filter(1)
Mga trajectory ng filter ng dalas, kapaki-pakinabang para sa paggawa ng mga makinis na pelikula

gmx-lie(1)
Tantyahin ang libreng enerhiya mula sa mga linear na kumbinasyon

gmx-morph(1)
Interpolate linearly sa pagitan ng mga conformation

gmx-pme_error(1)
Tantyahin ang error sa paggamit ng PME na may ibinigay na input file

gmx-sham(1)
Mag-compute ng mga libreng enerhiya o iba pang histogram mula sa mga histogram

gmx-spatial(1)
Kalkulahin ang spatial distribution function

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, box, temperatura at rotational energy mula sa mga trajectory

gmx-tune_pme(1)
Time mdrun bilang isang function ng PME ranks upang i-optimize ang mga setting

gmx-wham(1)
Magsagawa ng weighted histogram analysis pagkatapos ng umbrella sampling

gmx-check(1)
Suriin at ihambing ang mga file

gmx-dump(1)
Gawing nababasa ng tao ang mga binary file

gmx-make_ndx(1)
Gumawa ng mga index file

gmx-mk_angndx(1)
Bumuo ng mga index file para sa 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
Pag-order ng mga molekula ayon sa kanilang distansya sa isang pangkat

gmx-xpm2ps(1)
I-convert ang XPM (XPixelMap) matrice sa postscript o XPM

Distansya sa pagitan ng kaayusan
gmx-cluster(1)
Mga istruktura ng kumpol

gmx-confrms(1)
Pagkasyahin ang dalawang istruktura at kalkulahin ang RMSD

gmx-rms(1)
Kalkulahin ang mga RMSD na may reference na istraktura at mga RMSD matrice

gmx-rmsf(1)
Kalkulahin ang atomic fluctuations

Distansya in kaayusan sa ibabaw oras
gmx-mindist(1)
Kalkulahin ang pinakamababang distansya sa pagitan ng dalawang pangkat

gmx-mdmat(1)
Kalkulahin ang natitirang mga mapa ng contact

gmx-polystat(1)
Kalkulahin ang mga static na katangian ng polimer

gmx-rmsdist(1)
Kalkulahin ang mga distansya ng pares ng atom na na-average na may kapangyarihan -2, -3 o -6

Masa pamamahagi mga katangian sa ibabaw oras
gmx-gyrate(1)
Kalkulahin ang radius ng gyration

gmx-msd(1)
Kinakalkula ang ibig sabihin ng mga square displacement

gmx-polystat(1)
Kalkulahin ang mga static na katangian ng polimer

gmx-rdf(1)
Kalkulahin ang radial distribution function

gmx-rotacf(1)
Kalkulahin ang rotational correlation function para sa mga molekula

gmx-rotmat(1)
I-plot ang rotation matrix para sa pag-angkop sa isang reference na istraktura

gmx-sans(1)
Compute maliit na anggulo neutron scattering spectra

gmx-saxs(1)
Compute maliit na anggulo X-ray scattering spectra

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, box, temperatura at rotational energy mula sa mga trajectory

gmx-vanhove(1)
Compute Van Hove displacement at correlation function

Pag-aaral nakagapos mga pakikipag-ugnayan
gmx-angle(1)
Kalkulahin ang mga distribusyon at ugnayan para sa mga anggulo at dihedral

gmx-mk_angndx(1)
Bumuo ng mga index file para sa 'gmx angle'

Structural mga katangian
gmx-anadock(1)
Mga istruktura ng cluster mula sa Autodock run

gmx-bundle(1)
Suriin ang mga bundle ng mga palakol, hal, mga helice

gmx-clustsize(1)
Kalkulahin ang mga distribusyon ng laki ng mga atomic cluster

gmx-disre(1)
Pag-aralan ang mga paghihigpit sa distansya

gmx-hbond(1)
Kalkulahin at pag-aralan ang mga bono ng hydrogen

gmx-order(1)
Kalkulahin ang parameter ng pagkakasunud-sunod sa bawat atom para sa mga carbon tails

gmx-punong-guro(1)
Kalkulahin ang mga pangunahing axes ng inertia para sa isang pangkat ng mga atom

gmx-rdf(1)
Kalkulahin ang radial distribution function

gmx-saltbr(1)
Kalkulahin ang mga tulay ng asin

gmx-sorient(1)
Suriin ang oryentasyon ng solvent sa paligid ng mga solute

gmx-spol(1)
Suriin ang oryentasyon ng solvent na dipole at polarisasyon sa paligid ng mga solute

kinetiko mga katangian
gmx-bar(1)
Kalkulahin ang mga pagtatantya ng pagkakaiba sa libreng enerhiya sa pamamagitan ng ratio ng pagtanggap ni Bennett

gmx-kasalukuyan(1)
Kalkulahin ang dielectric constants at kasalukuyang autocorrelation function

gmx-dos(1)
Suriin ang density ng mga estado at katangian batay doon

gmx-dyecoupl(1)
I-extract ang dynamics ng dye mula sa mga trajectory

gmx-punong-guro(1)
Kalkulahin ang mga pangunahing axes ng inertia para sa isang pangkat ng mga atom

gmx-tcaf(1)
Kalkulahin ang mga lagkit ng mga likido

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, box, temperatura at rotational energy mula sa mga trajectory

gmx-vanhove(1)
Compute Van Hove displacement at correlation function

gmx-velacc(1)
Kalkulahin ang bilis ng autocorrelation function

Electrostatic mga katangian
gmx-kasalukuyan(1)
Kalkulahin ang dielectric constants at kasalukuyang autocorrelation function

gmx-dielectric(1)
Kalkulahin ang frequency dependent dielectric constants

gmx-dipoles(1)
Kalkulahin ang kabuuang dipole kasama ang mga pagbabago

gmx-potensyal(1)
Kalkulahin ang electrostatic potential sa buong kahon

gmx-spol(1)
Suriin ang oryentasyon ng solvent na dipole at polarisasyon sa paligid ng mga solute

gmx-genion(1)
Bumuo ng mga monoatomic ions sa masigasig na paborableng mga posisyon

Partikular sa protina pagsusuri
gmx-do_dssp(1)
Magtalaga ng pangalawang istraktura at kalkulahin ang solvent accessible surface area

gmx-chi(1)
Kalkulahin ang lahat ng gusto mong malaman tungkol sa chi at iba pang dihedral

gmx-helix(1)
Kalkulahin ang mga pangunahing katangian ng mga alpha helice

gmx-helixorient(1)
Kalkulahin ang lokal na pitch/bending/rotation/orientation sa loob ng mga helice

gmx-rama(1)
Compute Ramachandran plots

gmx-wheel(1)
I-plot ang mga helical na gulong

interface
gmx-bundle(1)
Suriin ang mga bundle ng mga palakol, hal, mga helice

gmx-density(1)
Kalkulahin ang density ng system

gmx-densmap(1)
Kalkulahin ang 2D planar o axial-radial density na mga mapa

gmx-densorder(1)
Kalkulahin ang pagbabagu-bago sa ibabaw

gmx-h2order(1)
Kalkulahin ang oryentasyon ng mga molekula ng tubig

gmx-hydorder(1)
I-compute ang mga parameter ng tetrahedrality sa paligid ng isang partikular na atom

gmx-order(1)
Kalkulahin ang parameter ng pagkakasunud-sunod sa bawat atom para sa mga carbon tails

gmx-potensyal(1)
Kalkulahin ang electrostatic potential sa buong kahon

Covariance pagsusuri
gmx-anaeig(1)
Pag-aralan ang eigenvectors

gmx-covar(1)
Kalkulahin at i-diagonalize ang covariance matrix

gmx-make_edi(1)
Bumuo ng mga input file para sa mahahalagang dynamics sampling

normal mode
gmx-anaeig(1)
Pag-aralan ang mga normal na mode

gmx-nmeig(1)
I-diagonalize ang Hessian para sa normal na mode analysis

gmx-nmtraj(1)
Bumuo ng isang virtual na oscillating trajectory mula sa isang eigenvector

gmx-nmens(1)
Bumuo ng isang grupo ng mga istruktura mula sa mga normal na mode

gmx-grompp(1)
Gumawa ng run input file

gmx-mdrun(1)
Maghanap ng potensyal na minimum na enerhiya at kalkulahin ang Hessian

COPYRIGHT

2015, pangkat ng pagbuo ng GROMACS

Gumamit ng gmx online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net