Ito ang command na gmx-rama na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-rama - Compute Ramachandran plots
SINOPSIS
gmx rama [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[hindi]w] [-xvg ]
DESCRIPTION
gmx si tatay pinipili ang mga kumbinasyon ng phi/psi dihedral mula sa iyong topology file at nag-compute
ang mga ito bilang isang function ng oras. Paggamit ng mga simpleng tool ng Unix tulad ng grep maaari kang pumili
mga tiyak na nalalabi.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.xvg>] (rama.xvg)
xvgr/xmgr file
Iba pang mga opsyon:
-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)
-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file
-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala
Gumamit ng gmx-rama online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
