Ito ang command na gmx-view na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-view - Tingnan ang isang trajectory sa isang X-Windows terminal
SINOPSIS
gmx view [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-b ]
[-e ] [-dt ]
DESCRIPTION
gmx tingnan ay ang GROMACS trajectory viewer. Ang program na ito ay nagbabasa ng isang trajectory file, isang run
input file at isang index file at naglalagay ng 3D na istraktura ng iyong molekula sa iyong karaniwang X
Screen sa bintana. Hindi na kailangan ng high end na graphics workstation, gumagana pa ito sa Monochrome
Mga screen.
Naipatupad ang mga sumusunod na feature: 3D view, rotation, translation at scaling
ng iyong (mga) molekula, mga label sa mga atom, animation ng mga trajectory, hardcopy sa PostScript
format, ang mga atom-filter na tinukoy ng user ay tumatakbo sa MIT-X (real X), bukas na mga bintana at motif, user
friendly na mga menu, opsyon upang alisin ang periodicity, opsyon upang ipakita ang computational box.
Maaaring gamitin ang ilan sa mga mas karaniwang X command line na opsyon: -bg, -fg magpalit ng kulay, -font
fontname binabago ang font.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file
Iba pang mga opsyon:
-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)
KILALA MGA ISYU
· Ang pagpipiliang bola ay hindi gumagana
· Ilang beses na nagtatapon ng core nang walang magandang dahilan
Gumamit ng gmx-view online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
