gmx-wham - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-wham - Magsagawa ng weighted histogram analysis pagkatapos ng umbrella sampling

SINOPSIS

gmx wham [-ix [<.dat>]] [-kung [<.dat>]] [-ito [<.dat>]] [-ip [<.dat>]]
[-ay [<.dat>]] [-iiact [<.dat>]] [-tab [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-kasaysayan [<.xvg>]] [-iact [<.xvg>]]
[-bsres [<.xvg>]] [-bsprof [<.xvg>]] [-xvg ]
[-min ] [-max ] [-[no]awto] [-mga basurahan ]
[-temp ] [-tol ] [-[no]v] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[no]makasaysayan] [-[walang] hangganan]
[-[no]log] [-yunit ] [-zprof0 ] [-[no]cycl]
[-[no]sym] [-[no]ac] [-acsig ] [-ac-trestart ]
[-nBootstrap ] [-bs-paraan ] [-bs-tau ]
[-bs-binhi ] [-histbs-block ] [-[no]vbs]

DESCRIPTION

gmx palusot ay isang programa sa pagsusuri na nagpapatupad ng Weighted Histogram Analysis Method
(WHAM). Ito ay nilayon upang pag-aralan ang mga output file na nabuo sa pamamagitan ng umbrella sampling simulation
upang kalkulahin ang potensyal ng mean force (PMF).

gmx palusot kasalukuyang hindi ganap na napapanahon. Sinusuportahan lamang nito ang mga pull setup kung saan ang una
Ang (mga) pull coordinate ay mga umbrella pull coordinates at, kung kailangan ng maraming coordinate
susuriin, lahat ay gumamit ng parehong geometry at sukat. Sa karamihan ng mga kaso ito ay hindi isang
isyu.

Sa kasalukuyan, tatlong input mode ang sinusuportahan.

· May opsyon -ito, nagbibigay ang user ng file na naglalaman ng mga pangalan ng file ng payong
simulation run-input file (.tpr file), AT, na may opsyon -ix, isang file na naglalaman ng
mga pangalan ng file ng pullx mdrun mga output file. Ang .tpr at ang mga pullx file ay dapat na nasa
kaukulang pagkakasunud-sunod, ibig sabihin, ang una .tpr nilikha ang unang pullx, atbp.

· Pareho sa nakaraang input mode, maliban na ang user ay nagbibigay ng pull force output
mga pangalan ng file (pullf.xvg) na may opsyon -kung. Mula sa pull puwersa ang posisyon sa
Ang potensyal ng payong ay nakalkula. Hindi ito gumagana sa mga naka-tabulate na potensyal na payong.

· May opsyon -ip, ang user ay nagbibigay ng mga pangalan ng file ng (gzipped) .pdo file, ibig sabihin, ang GROMACS
3.3 umbrella output file. Kung mayroon kang ilang hindi pangkaraniwang coordinate ng reaksyon maaari mo rin
bumuo ng sarili mong .pdo file at pakainin sila ng -ip pagpipilian sa sa gmx palusot. ang
Ang .pdo file header ay dapat na katulad ng sumusunod:

# PAYONG 3.0
# Pagpili ng bahagi: 0 0 1
# nLaktawan 1
# Ref. Pangkat 'TestAtom'
# Nr. ng mga pull group 2
# Pangkat 1 'GR1' Umb. Pos. 5.0 Umb. Cons. 1000.0
# Pangkat 2 'GR2' Umb. Pos. 2.0 Umb. Cons. 500.0
#####

Ang bilang ng mga pull group, posisyon ng payong, force constant, at mga pangalan ay maaaring (ng
kurso) magkaiba. Kasunod ng header, isang column ng oras at isang column ng data para sa bawat pull
sumusunod ang grupo (ibig sabihin, ang displacement na may kinalaman sa umbrella center). Hanggang apat
Ang mga pull group ay posible sa bawat .pdo file sa kasalukuyan.

Bilang default, lahat ng pull group na makikita sa lahat ng pullx/pullf file ay ginagamit sa WHAM. Kung ilan lang
ng mga pull group ay dapat gamitin, isang pull group selection file (opsyon -ay) ay maaaring maging
ibinigay. Ang piniling file ay dapat maglaman ng isang linya para sa bawat tpr file sa tpr-files.dat.
Ang bawat isa sa mga linyang ito ay dapat maglaman ng isang digit (0 o 1) para sa bawat pull group sa tpr file.
Dito, ang 1 ay nagpapahiwatig na ang pull group ay ginagamit sa WHAM, at ang 0 ay nangangahulugan na ito ay tinanggal. Halimbawa:
Kung mayroon kang tatlong tpr file, bawat isa ay naglalaman ng 4 na pull group, ngunit pull group 1 at 2 lang
dapat gamitin, ganito ang hitsura ng groupel.dat:

1 1 0 0
1 1 0 0
1 1 0 0

Bilang default, ang mga output file ay

· -o PMF output file

· -kasaysayan Histograms output file

Palaging suriin kung ang mga histogram ay sapat na nagsasapawan.

Ang potensyal na payong ay ipinapalagay na maharmonya at ang mga constant ng puwersa ay binabasa mula sa
.tpr o .pdo file. Kung ang isang non-harmonic umbrella force ay inilapat isang tabulated potential can
ipagkakaloob sa -tab.

WHAM pagpipilian
· -mga basurahan Bilang ng mga bin na ginamit sa pagsusuri

· -temp Temperatura sa mga simulation

· -tol Ihinto ang pag-ulit kung ang profile (probability) ay nagbago nang mas mababa kaysa sa pagpapaubaya

· -kotse Awtomatikong pagtukoy ng mga hangganan

· -min,-max Mga hangganan ng profile

Ang mga punto ng data na ginagamit upang kalkulahin ang profile ay maaaring paghigpitan ng mga opsyon -b,
-e, at -dt. Ayusin -b upang matiyak ang sapat na equilibration sa bawat umbrella window.

may -log (default) ang profile ay nakasulat sa mga yunit ng enerhiya, kung hindi man (na may -nolog) bilang
probabilidad. Maaaring tukuyin ang yunit gamit ang -yunit. Sa output ng enerhiya, ang enerhiya sa
ang unang bin ay tinukoy na zero. Kung gusto mo ang libreng enerhiya sa ibang posisyon
maging zero, itakda -zprof0 (kapaki-pakinabang sa bootstrapping, tingnan sa ibaba).

Para sa cyclic o periodic reaction coordinates (dihedral angle, channel PMF na walang osmotic
gradient), ang opsyon -siklo ay kapaki-pakinabang. gmx palusot gagamit ng periodicity ng
system at bumuo ng isang pana-panahong PMF. Ang una at huling bin ng reaction coordinate
ay ipinapalagay na magkapitbahay.

Opsyon -sym symmetrizes ang profile sa paligid ng z=0 bago ang output, na maaaring maging kapaki-pakinabang para sa,
hal. mga lamad.

Pagkapareho
Kung available, ang bilang ng mga OpenMP thread na ginagamit ng g_wham ay kinokontrol ng -nt.

Autocorrelations
may - at, gmx palusot tinatantya ang integrated autocorrelation time (IACT) tau para sa bawat isa
umbrella window at tinitimbang ang kani-kanilang window na may 1/[1+2*tau/dt]. Ang mga IACT ay
nakasulat sa file na tinukoy sa -iact. Sa verbose mode, gumagana ang lahat ng autocorrelation
(ACFs) ay isinulat sa hist_autocorr.xvg. Dahil ang mga IACT ay maaaring masyadong maliitin
sa kaso ng limitadong sampling, opsyon -acsig nagbibigay-daan sa isa na pakinisin ang mga IACT sa kahabaan ng
reaksyon coordinate sa isang Gaussian (sigma ibinigay sa -acsig, tingnan ang output sa iact.xvg).
Tandaan na ang mga IACT ay tinatantya sa pamamagitan ng simpleng pagsasama ng mga ACF habang ang mga ACF ay
mas malaki 0.05. Kung mas gusto mong kalkulahin ang mga IACT sa isang mas sopistikadong (ngunit posibleng
hindi gaanong matatag) na paraan tulad ng pag-angkop sa isang double exponential, maaari mong kalkulahin ang mga IACT
sa gmx suriin at ibigay sa kanila gmx palusot kasama ang file iact-in.dat (pagpipilian -iiact),
na dapat maglaman ng isang linya bawat input file (.pdo o pullx/f file) at isang column bawat
pull group sa kani-kanilang file.

pagkakamali pagsusuri
Maaaring matantya ang mga error sa istatistika sa pagsusuri ng bootstrap. Gamitin ito nang may pag-iingat, kung hindi man
ang istatistikal na error ay maaaring masyadong maliitin. Higit pang background at mga halimbawa
para sa pamamaraan ng bootstrap ay matatagpuan sa Hub, de Groot at Van der Spoel, JCTC (2010)
6: 3713-3720. -nBootstrap tumutukoy sa bilang ng mga bootstrap (gamitin, hal, 100). Apat
Sinusuportahan at pinipili ang mga paraan ng bootstrapping -bs-paraan.

· b-hist Default: ang mga kumpletong histogram ay itinuturing bilang mga independiyenteng data point, at ang
Ang bootstrap ay isinasagawa sa pamamagitan ng pagtatalaga ng mga random na timbang sa histograms ("Bayesian
bootstrap"). Tandaan na ang bawat punto sa kahabaan ng reaction coordinate ay dapat na sakop ng
maramihang independiyenteng histograms (hal. 10 histograms), kung hindi, ang statistical error ay
minaliit.

· hist Ang mga kumpletong histogram ay itinuturing na mga independiyenteng punto ng data. Para sa bawat isa
bootstrap, ang N histogram ay random na pinili mula sa N ibinigay na histograms (nagbibigay-daan
pagdoble, ibig sabihin, sampling na may kapalit). Upang maiwasan ang mga gaps na walang data sa kahabaan ng
reaksyon coordinate block ng histograms (-histbs-block) ay maaaring tukuyin. Kung ganoon,
ang mga ibinigay na histogram ay nahahati sa mga bloke at ang mga histogram lamang sa loob ng bawat bloke ay
magkakahalo. Tandaan na ang mga histogram sa loob ng bawat bloke ay dapat na kinatawan para sa lahat
posibleng histograms, kung hindi man ay minamaliit ang statistical error.

· traj Ang mga ibinigay na histograms ay ginagamit upang makabuo ng mga bagong random na tilapon, tulad na ang
ang nabuong mga punto ng data ay ipinamamahagi ayon sa ibinigay na histograms at maayos
autocorrelated. Dapat malaman ang autocorrelation time (ACT) para sa bawat window, kaya gamitin - at
o ibigay ang ACT sa -iiact. Kung ang ACT ng lahat ng mga bintana ay magkapareho (at kilala), ikaw
maaari ding magbigay sa kanila ng -bs-tau. Tandaan na ang pamamaraang ito ay maaaring masyadong maliitin
ang error sa kaso ng limitadong sampling, iyon ay kung ang mga indibidwal na histogram ay hindi kumakatawan
ang kumpletong puwang ng phase sa kani-kanilang mga posisyon.

· traj-gauss Katulad ng pamamaraan traj, ngunit ang mga tilapon ay hindi naka-bootstrap mula sa
umbrella histograms ngunit mula sa Gaussians na may average at lapad ng payong
histograms. Ang pamamaraang iyon ay nagbubunga ng mga katulad na pagtatantya ng error tulad ng pamamaraan traj.

Bootstrap na output:

· -bsres Average na profile at standard deviations

· -bsprof Lahat ng mga profile ng bootstrap

may -vbs (verbose bootstrapping), ang histograms ng bawat bootstrap ay nakasulat, at, na may
paraan ng bootstrap traj, ang pinagsama-samang mga function ng pamamahagi ng mga histogram.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-ix [<.dat>] (pullx-files.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-kung [<.dat>] (pullf-files.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-ito [<.dat>] (tpr-files.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-ip [<.dat>] (pdo-files.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-ay [<.dat>] (groupsel.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-iiact [<.dat>] (iact-in.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-tab [<.dat>] (umb-pot.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (profile.xvg)
xvgr/xmgr file

-kasaysayan [<.xvg>] (histo.xvg)
xvgr/xmgr file

-iact [<.xvg>] (iact.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-bsres [<.xvg>] (bsResult.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-bsprof [<.xvg>] (bsProfs.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-min (0)
Minimum na coordinate sa profile

-max (0)
Pinakamataas na coordinate sa profile

-[no]awto (oo)
Awtomatikong tukuyin ang min at max

-mga basurahan (200)
Bilang ng mga bin sa profile

-temp (298)
Temperatura

-tol (1e-06)
Pagpapaubaya

-[no]v (hindi)
Verbose mode

-b (50)
Unang beses na mag-analyze (ps)

-e (1e+20)
Huling oras upang pag-aralan (ps)

-dt (0)
Pag-aralan lamang ang bawat dt ps

-[no]makasaysayan (hindi)
Sumulat ng histograms at lumabas

-[walang] hangganan (hindi)
Tukuyin ang min at max at lumabas (na may -kotse)

-[no]log (oo)
Kalkulahin ang log ng profile bago i-print

-yunit (kJ)
Unit ng enerhiya sa kaso ng output ng log: kJ, kCal, kT

-zprof0 (0)
Tukuyin ang profile sa 0.0 sa posisyong ito (na may -log)

-[no]cycl (hindi)
Gumawa ng cyclic/periodic profile. Ipinapalagay na ang min at max ay parehong punto.

-[no]sym (hindi)
I-symmetrizize ang profile sa paligid ng z=0

-[no]ac (hindi)
Kalkulahin ang pinagsamang mga oras ng autocorrelation at gamitin sa wham

-acsig (0)
Makinis na mga oras ng autocorrelation kasama ang coordinate ng reaksyon sa Gaussian ng sigma na ito

-ac-trestart (1)
Kapag nag-compute ng mga autocorrelation function, i-restart ang pag-compute tuwing .. (ps)

-nBootstrap (0)
nr ng mga bootstrap upang matantya ang kawalan ng katiyakan sa istatistika (hal, 200)

-bs-paraan (b-hist)
Paraan ng Bootstrap: b-hist, hist, traj, traj-gauss

-bs-tau (0)
Autocorrelation time (ACT) ang ipinapalagay para sa lahat ng histograms. Gamitin ang opsyon - at kung ang ACT ay
hindi alam.

-bs-binhi (-1)
Binhi para sa bootstrap. (-1 = oras ng paggamit)

-histbs-block (8)
Kapag ang paghahalo ng mga histogram ay ihalo lamang sa loob ng mga bloke ng -histbs-block.

-[no]vbs (hindi)
Verbose bootstrap. I-print ang mga CDF at isang histogram file para sa bawat bootstrap.

Gumamit ng gmx-wham online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net