Ito ang command na gt-orffinder na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gt-orffinder - Kinikilala ang mga ORF (open reading frames) sa mga pagkakasunud-sunod.
SINOPSIS
gt nag-order [pagpipilian ...] [indexname] [GFF3_file ...]
DESCRIPTION
-mga uri
Tukuyin ang mga rehiyon na dapat hanapin para sa mga bukas na frame ng pagbabasa, hal
LTR_retrotransposon
-allorfs [oo|hindi]
hanapin ang lahat ng ORF sa halip na ang pinakamahabang (default: hindi)
-min [halaga]
minimum na haba ng ORF (default: 30)
-max [halaga]
maximum na haba ng ORF (default: 10000)
-v [oo|hindi]
maging verbose (default: hindi)
-o [filename]
i-redirect ang output sa tinukoy na file (default: hindi natukoy)
-gzip [oo|hindi]
isulat ang gzip compressed output file (default: hindi)
-bzip2 [oo|hindi]
isulat ang bzip2 compressed output file (default: hindi)
-puwersa [oo|hindi]
pilitin ang pagsulat sa output file (default: hindi)
-seqfile [filename]
itakda ang sequence file kung saan kukunin ang mga sequence (default: undefined)
-encseq [filename]
itakda ang naka-encode na sequence indexname kung saan kukunin ang mga sequence (default:
hindi natukoy)
-seqfiles
itakda ang mga file ng pagkakasunud-sunod kung saan i-extract ang mga feature na ginagamit -- upang wakasan ang listahan
ng sequence files
-matchdesc [oo|hindi]
hanapin ang mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod mula sa mga input file para sa mga nais na sequence ID (sa
GFF3), pag-uulat ng unang laban (default: hindi)
-matchdescstart [oo|hindi]
eksaktong tumutugma sa mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod mula sa mga input file para sa nais na pagkakasunud-sunod
Mga ID (sa GFF3) mula sa simula hanggang sa unang whitespace (default: hindi)
-usedesc [oo|hindi]
gumamit ng mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod upang imapa ang mga sequence ID (sa GFF3) sa aktwal na pagkakasunud-sunod
mga entry. Kung ang isang paglalarawan ay naglalaman ng hanay ng pagkakasunud-sunod (hal., III:1000001..2000000), ang
ang unang bahagi ay ginagamit bilang sequence ID (III) at ang unang hanay na posisyon bilang offset
(1000001) (default: hindi)
-pagmamapa ng rehiyon [pisi]
itakda ang file na naglalaman ng sequence-region sa sequence file mapping (default: undefined)
-tulong
ipakita ang tulong at paglabas
-version
ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas
Pag-uulat TUMBOK
Mag-ulat ng mga bug sa[protektado ng email]>.
Gumamit ng gt-orfinder online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
