Ito ang command na hhconsensus na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
hhconsensus - kalkulahin ang consensus sequence para sa isang A3M/FASTA input file
SINOPSIS
hhconsensus -i [pagpipilian]
DESCRIPTION
HHconsensus bersyon 2.0.16 (Enero 2013) Kalkulahin ang pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan para sa isang
A3M/FASTA input file. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, at Soding J. HHblits: Kidlat-mabilis na umuulit
paghahanap ng pagkakasunud-sunod ng protina sa pamamagitan ng pagkakahanay ng HMM-HMM. Nat. Paraan 9:173-175 (2011).
-i
alignment ng query (A2M, A3M, o FASTA), o HMM ng query
Pagbubuhos na pagpipilian:
-s
idagdag ang pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan sa FASTA (default= )
-o
isulat ang pagkakahanay sa pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan sa A3M
-oa3m
pareho
-oa2m
isulat ang pagkakahanay sa pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan sa A2M
-ofas
isulat ang pagkakahanay sa pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan sa FASTA
-v
verbose mode: 0:no screen output 1: only warings 2: verbose
Filter input pagkakahanay (mga opsyon maaari be pinagsama):
-id [0,100] maximum pairwise sequence identity (%) (def=100)
- pagkakaiba [0,inf[ i-filter ang pinaka-magkakaibang hanay ng mga pagkakasunud-sunod, pinapanatili ang hindi bababa sa ito
maraming sequence sa bawat bloke ng >50 column (def=0)
-cov [0,100] minimum na saklaw na may query (%) (def=0)
-qid [0,100] minimum sequence identity na may query (%) (def=0)
-qsc [0,100] minimum na marka bawat column na may query (def=-20.0)
input pagkakahanay format:
-M a2m gumamit ng A2M/A3M (default): upper case = Tugma; maliit na titik = Insert; '-' = Tanggalin; '.' =
mga puwang na nakahanay sa mga pagsingit (maaaring alisin)
-M una
gamitin ang FASTA: ang mga column na may nalalabi sa 1st sequence ay mga estado ng pagtutugma
-M [0,100]
gamitin ang FASTA: ang mga column na may mas kaunti sa X% na gaps ay mga estado ng pagtutugma
iba na pagpipilian:
-dagdag magdagdag ng hinulaang impormasyon ng pangalawang istraktura mula sa PSIPRED
Halimbawa: hhconsensus -i si stdin -s stdout
Gamitin ang hhconsensus online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
