hhsearch - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

hhsearch - maghanap ng database ng mga HMM na may alignment ng query o HMM ng query

SINOPSIS

hhsearch -i tanong -d database [pagpipilian]

DESCRIPTION

HHsearch bersyon 2.0.16 (Enero 2013) Maghanap ng database ng mga HMM na may alignment ng query o
query HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Pagtukoy ng homology ng protina sa pamamagitan ng paghahambing ng HMM-HMM. Bioinformatics 21:951-960 (2005).

-i
input/query multiple sequence alignment (a2m, a3m, FASTA) o HMM

-d
HMM database ng mga pinagsama-samang HMM sa hhm, HMMER, o a3m na format, O, kung ang file ay may
extension pal, listahan ng mga HMM file name, isa bawat linya. Maramihang dbs, HMM, o kaibigan
mga file na may -d ' ...'

maaaring 'stdin' o 'stdout' sa kabuuan.

Pagbubuhos na pagpipilian:
-o
isulat ang mga resulta sa karaniwang format sa file (default= )

-Ofas
sumulat ng pairwise alignment ng mga makabuluhang tugma sa FASTA na format Katulad para sa
output sa a3m, a2m, at psi na format (hal -Oa3m)

-oa3m
isulat ang MSA ng mga makabuluhang tugma sa format na a3m Katulad para sa output sa a2m, psi,
at hhm format (hal -ohhm)

-e [0,1]
E-value cutoff para sa pagsasama sa maramihang alignment (def=0.001)

-seq
max. bilang ng mga query/template sequence na ipinapakita (def=1) Mag-ingat sa mga overflow! Lahat
ang mga sequence na ito ay nakaimbak sa memorya.

-cons ipakita ang consensus sequence bilang master sequence ng query na MSA

-nocons
huwag ipakita ang pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan sa mga alignment (default=show)

-nopred
huwag ipakita ang hinulaang 2ndary structure sa mga alignment (default=show)

-nodssp
huwag ipakita ang DSSP 2ndary structure sa mga alignment (default=show)

-ssconf
magpakita ng mga kumpiyansa para sa hinulaang 2ndary structure sa mga alignment

-p
pinakamababang posibilidad sa buod at listahan ng pagkakahanay (def=20)

-E
maximum na E-value sa buod at listahan ng pagkakahanay (def=1E+06)

-Z
maximum na bilang ng mga linya sa summary hit list (def=500)

-z
minimum na bilang ng mga linya sa summary hit list (def=10)

-B
maximum na bilang ng mga alignment sa listahan ng alignment (def=500)

-b
minimum na bilang ng mga alignment sa listahan ng alignment (def=10)

-aliw [40,..[
bilang ng mga column sa bawat linya sa listahan ng alignment (def=80)

-dbstrlen
max na haba ng database string na ipi-print sa hhr file

I-filter ang query ng multiple sequence alignment

-id [0,100] maximum pairwise sequence identity (%) (def=90)

- pagkakaiba [0,inf[
i-filter ang MSA sa pamamagitan ng pagpili ng karamihan sa magkakaibang hanay ng mga pagkakasunud-sunod, na pinapanatili ang kahit gaano karami
seqs sa bawat MSA block na may haba na 50 (def=100)

-cov [0,100] minimum na saklaw na may query (%) (def=0)

-qid [0,100] minimum sequence identity na may query (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimum na marka bawat column na may query (def=-20.0)

-neff [1,inf]
target na pagkakaiba-iba ng pagkakahanay (default=off)

input pagkakahanay format:
-M a2m gumamit ng A2M/A3M (default): upper case = Tugma; maliit na titik = Insert; '-' = Tanggalin; '.' =
mga puwang na nakahanay sa mga pagsingit (maaaring alisin)

-M una
gamitin ang FASTA: ang mga column na may nalalabi sa 1st sequence ay mga estado ng pagtutugma

-M [0,100]
gamitin ang FASTA: ang mga column na may mas kaunti sa X% na gaps ay mga estado ng pagtutugma

-tag HUWAG i-neutralize ang His-, C-myc-, FLAG-tags, at trypsin recognition sequence sa
pamamahagi ng background

HMM-HMM pagkakahanay na pagpipilian:
-norealign
HUWAG i-realign ang mga ipinakitang hit gamit ang MAC algorithm (def=realign)

-mact [0,1[
posterior probability threshold para sa MAC re-alignment (def=0.350) Parameter controls
alignment grediness: 0:global >0.1:local

-glob/-loc
gumamit ng global/local alignment mode para sa paghahanap/ranggo (def=local)

-alt
ipakita ito sa maraming makabuluhang alternatibong pagkakahanay(def=2)

-vit gumamit ng Viterbi algorithm para sa paghahanap/pagraranggo (default)

-mac gumamit ng Maximum Accuracy (MAC) algorithm para sa paghahanap/pagraranggo

-pasa
gamitin ang Forward probability para sa paghahanap

-excl
ibukod ang mga posisyon ng query mula sa pagkakahanay, hal. '1-33,97-168'

-shift [-1,1]
offset ng marka (def=-0.03)

-corr [0,1]
bigat ng termino para sa mga ugnayan ng pares (def=0.10)

-sc marka ng amino acid (tja: template HMM sa column j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: aa background frequency)

1 = log2 Sum(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs sa template)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs sa query)

5 lokal na pagwawasto ng komposisyon ng amino acid

-ssm {0,..,4}
0: walang ss scoring 1,2: ss scoring pagkatapos o sa panahon ng alignment [default=2] 3,4: ss
pagmamarka pagkatapos o sa panahon ng pagkakahanay, hinulaang vs. hinulaang

-ssw [0,1] timbang ng ss score kumpara sa column score (def=0.11)

-ssa [0,1] SS substitution matrix = (1-ssa)*I + ssa*full-SS-substition-matrix
[def=1.00)

Puwang gastos na pagpipilian:
-gapb [0,inf[
Transition pseudocount admixture (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Transition pseudocount admixture para sa open gap (default=0.15)

-nganga [0,1.5]
Transition pseudocount admixture para sa extend gap (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
salik sa pagtaas/pagbawas ng gap open penalty para sa mga pagtanggal (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
salik upang madagdagan/bawasan ang gap open na parusa para sa mga pagsingit (def=0.60)

-gaph ]0,inf]
salik upang madagdagan/bawasan ang gap pahabain ang parusa para sa mga pagtanggal(def=0.60)

-gapi ]0,inf]
salik upang madagdagan/bawasan ang gap pahabain ang parusa para sa mga pagsingit(def=0.60)

-hal [0,inf[ penalty (bits) para sa mga end gaps na nakahanay sa query residues (def=0.00)

-hal [0,inf[ penalty (bits) para sa mga end gaps na nakahanay sa template residues (def=0.00)

Pseudocount (pc) na pagpipilian:
-pcm {0,..,3}
pagdepende sa posisyon ng pc admixture 'tau' (pc mode, default=2) 0: walang pseudo counts:
tau = 0 1: pare-pareho ang tau = a 2: nakasalalay sa pagkakaiba-iba: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: bilang ng mga epektibong seq sa lokal na MSA sa paligid ng column i)
3: pare-pareho ang pagkakaiba-iba pseudocounts

-pca [0,1] pangkalahatang pseudocount admixture (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Neff threshold value para sa -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extinction exponent c para sa -pcm 2 (def=1.0)

Partikular sa konteksto pseudo-counts:
-nocontxt
gumamit ng substitution-matrix sa halip na mga pseudocount na tukoy sa konteksto

-contxt context file para sa pag-compute ng mga pseudocount na tukoy sa konteksto
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
column state file para sa mabilis na pag-prefilter ng database (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] bigat ng gitnang posisyon sa cs pseudocount mode (def=1.6)

-csb [0,1] weight decay parameter para sa mga posisyon sa cs pc mode (def=0.9)

iba na pagpipilian:
-cpu
bilang ng mga CPU na gagamitin (para sa shared memory SMP) (default=1)

-v
verbose mode: 0:no screen output 1: only warings 2: verbose

-maxres
max na bilang ng mga column ng HMM (def=15002)

-maxmem [1,inf[ max na available na memory sa GB (def=3.0)

-mga marka magsulat ng mga marka para sa lahat ng magkapares na paghahambing na ihahain

- kalmado {0,..,3} empirical score calibration ng 0:query 1:template 2:pareho

default 3: neural network-based na pagtatantya ng EVD params

Halimbawa: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

Gamitin ang hhsearch online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net