HPCdaligner - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

HPCdaligner - bumuo ng script na tatakbo daligner(1)

SINOPSIS

HPCdaligner [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edoble(.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msubaybayan]+ [-dalint(4)] [-degint(25)] landas:db|dam
[una: int[-huling:int]]

DESCRIPTION

HPCdaligner nagsusulat ng UNIX shell script sa karaniwang output na binubuo ng isang sequence
ng mga utos na epektibong tumatakbo daligner(1) sa lahat ng mga pares ng mga bloke ng isang split database
at pagkatapos ay panlabas na pag-uuri-uriin at pagsasama-samahin ang mga ito gamit LAsort(1) at LAmerge(1) sa isang koleksyon
ng mga alignment na file na may mga pangalan landas.#.las kung saan ang # ay mula 1 hanggang sa bilang ng mga bloke ang
ang database ay nahahati sa. Ang mga pinagsunod-sunod na file na ito kung pinagsama ng say LAcat(1) ay naglalaman ng
lahat ng alignment sa pinagsunod-sunod na pagkakasunud-sunod (ng a-read, pagkatapos b-read, at iba pa). Bukod dito, lahat
ang mga overlap para sa isang naibigay na a-read ay garantisadong hindi mahahati sa mga file, kaya maaaring tumakbo ang isa
mga artifact analyzer o pagwawasto ng error sa bawat pinagsunod-sunod na file nang magkatulad.

Ang database ay dapat na dati nang nahati ng DBsplit(1) at lahat ng mga parameter, maliban
-v, -dal, at -deg, ay ipinapasa sa mga tawag sa daligner(1). Ang mga default para sa
ang mga parameter na ito ay para sa daligner(1). Ang -v flag, para sa verbose-mode, ay ipinapasa din sa
lahat ng tawag sa LAsort(1) at LAmergeNa (1). -dal at -deg ang mga pagpipilian ay inilarawan sa ibang pagkakataon.

Para sa isang database na nahahati sa N sub-block, ang mga tawag sa daligner(1) ay magbubunga sa kabuuan
2TN^2 .las na mga file sa pag-aakalang tumatakbo ang daligner sa mga T thread. Ang mga ito ay pag-uuri-uriin at
pinagsama sa N^2 na pinagsunod-sunod na .las na mga file, isa para sa bawat block pares. Ang mga ito ay pinagsama-sama
ceil(log_deg N) phases kung saan ang bilang ng mga file ay bumababa nang geometriko -deg hanggang
mayroong 1 file sa bawat hilera ng N x N block matrix. Kaya sa dulo ang isa ay may N pinagsunod-sunod .las
mga file na kapag pinagsama ay magbibigay ng isang malaking pinagsunod-sunod na overlap na file.

Ang -dal ang opsyon (default 4) ay nagbibigay ng gustong bilang ng mga paghahambing sa block bawat tawag sa
daligner(1). Ang ilan ay dapat maglaman dal-1 paghahambing, at ang una dal-2 paghahambing ng bloke
kahit na mas mababa, ngunit ang HPCdaligner Ginagawa ng "tagaplano" ang pinakamahusay na magagawa nito upang magbigay ng average na load ng
dal block paghahambing sa bawat command. Ang -deg ang opsyon (default 25) ay nagbibigay ng maximum na bilang
ng mga file na isasama sa isang solong LAmerge(1) utos. Ang tagaplano ay gumagawa ng pinakamahusay
kahit k-ary tree of merges, kung saan ang bilang ng mga level ay ceil(log_deg N).

Kung ang mga integer una at huli ay nawawala, kung gayon ang script na ginawa ay para sa bawat block sa
ang database. Kung una ay naroroon, kung gayon HPCdaligner gumagawa ng incremental na script na
naghahambing ng mga bloke una sa pamamagitan ng huli (huli = una kung hindi naroroon) laban sa isa't isa at
lahat ng nakaraang block 1 hanggang una-1, at pagkatapos ay unti-unting ina-update ang mga .las na file para sa
bloke 1 hanggang una-1, at lumilikha ng mga .las na file para sa mga bloke una sa pamamagitan ng huli.

Ang bawat UNIX command line na output ng HPCdaligner maaaring isang batch na trabaho (ginagamit namin ang &&
operator upang pagsamahin ang ilang mga utos sa isang linya upang gawin ito). Dependencies sa pagitan
ang mga trabaho ay maaaring mapanatili sa pamamagitan lamang ng unang pagpapatakbo ng lahat ng daligner(1) mga trabaho, pagkatapos ang lahat ng
paunang pag-uuri ng mga trabaho, at pagkatapos ay ang lahat ng mga trabaho sa bawat yugto ng panlabas na pagsasanib na pag-uuri. Bawat isa
sa mga yugtong ito ay pinaghihiwalay ng isang nagbibigay-kaalaman na linya ng komento para sa iyong pag-script
kaginhawaan

Gamitin ang HPCdaligner online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net