iqtree - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

iqtree - mahusay na phylogenetic software sa pinakamataas na posibilidad

SINOPSIS

iqtree -s [Opsyon]

DESCRIPTION

IQ-TREE bersyon 1.3.11.1 para sa Linux 64-bit na binuo Peb 1 2016 Copyright © 2011-2015 Nguyen
Lam Tung, Olga Chernomor, Arndt von Haeseler at Bui Quang Minh.

PANGKALAHATAN OPSYON:
-? o -h
Pagpi-print ng dialog ng tulong na ito

-s
Pag-align ng input sa PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF na format

-st
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (default: auto-detect)

-q
Edge-linked na partition model (file sa NEXUS/RAxML na format)

-spp Gusto -q opsyon ngunit pinapayagan ang partition-specific na mga rate

-sp Edge-unlinked partition model (tulad ng -M opsyon ng RAxML)

-t | BIONJ | RANDOM
Panimulang puno (default: 100 puno ng parsimony at BIONJ)

-tsaa Gusto -t ngunit ang pag-aayos ng user tree (walang tree search na ginawa)

-o
Outgroup taxon name para sa pagsulat ng .treefile

-pre
Gamit para sa mga output file (default: aln/partition)

-binhi
Random na numero ng binhi, karaniwang ginagamit para sa layunin ng pag-debug

-v, -vv, -vvv
Verbose mode, nagpi-print ng higit pang mga mensahe sa screen

BAGONG STOCHASTIC TINDI Paghahanap ALGORITM:
-pll Gumamit ng phylogenetic likelihood library (PLL) (default: naka-off)

-numpars
Bilang ng mga paunang puno ng parsimony (default: 100)

-toppars
Bilang ng pinakamahusay na mga puno ng parsimony (default: 20)

-sprrad
Radius para sa parsimony na paghahanap sa SPR (default: 6)

-numcand
Sukat ng hanay ng puno ng kandidato (default: 5)

-pers
Lakas ng perturbation para sa randomized na NNI (default: 0.5)

-allni
Magsagawa ng mas masusing paghahanap sa NNI (default: naka-off)

-numstop
Bilang ng mga hindi matagumpay na pag-ulit na ihihinto (default: 100)

-n <#iteration>
Ayusin ang bilang ng mga iteration sa <#iteration> (default: auto)

-iqp Gamitin ang IQP tree perturbation (default: randomized NNI)

-iqpnni
Bumalik sa lumang IQPNNI tree search algorithm

ULTRAFAST BOOTSTRAP:
-bb <#replicates>
Napakabilis na bootstrap (>=1000)

-wbt Sumulat ng mga bootstrap tree sa .ufboot file (default: wala)

-wbtl katulad -wbt kundi pati na rin ang pagsusulat ng mga haba ng sangay

-nm <#iteration>
Pinakamataas na bilang ng mga pag-ulit (default: 1000)

-hakbang <#iteration> #Iterations para sa UFBoot stopping rule (default: 100)

-bcor
Minimum na koepisyent ng ugnayan (default: 0.99)

-beps
RELL epsilon para maputol ang kurbata (default: 0.5)

STANDARD HINDI PARAMETRIC BOOTSTRAP:
-b <#replicates>
Bootstrap + ML tree + consensus tree (>=100)

-bc <#replicates>
Bootstrap + consensus tree

-bo <#replicates>
Bootstrap lang

ISANG BRANCH PAGSUSULIT:
-alrt <#replicates>
SH-like approximate likelihood ratio test (SH-aLRT)

-alrt 0
Parametric aLRT test (Anisimova at Gascuel 2006)

-abayes
tinatayang pagsubok sa Bayes (Anisimova et al. 2011)

-lbp <#replicates>
Mabilis na lokal na mga posibilidad ng bootstrap

Awtomatikong MODEL PAGPILI:
-m TESTONLY
Karaniwang pagpili ng modelo (tulad ng jModelTest, ProtTest)

-m PAGSUBOK
katulad -m TESTONLY ngunit sinundan ng tree reconstruction

-m TESTNEWONLY
Bagong pagpili ng modelo kabilang ang FreeRate (+R) heterogeneity

-m TESTNEW
katulad -m TESTNEWONLY pero sinundan ng tree reconstruction

-m TESTMERGEONLY
Pumili ng best-fit na partition scheme (tulad ng PartitionFinder)

-m TESTMERGE
katulad -m TESTMERGEONLY pero sinundan ng tree reconstruction

-m TESTNEWMERGEONLY
katulad -m TESTMERGEONLY ngunit may kasamang FreeRate heterogeneity

-m TESTNEWMERGE
katulad -m TESTNEWMERGEONLY na sinusundan ng muling pagtatayo ng puno

-rcluster
Porsiyento ng mga pares ng partition (relaxed clustering alg.)

-mset programa
Limitahan ang paghahanap sa mga modelong sinusuportahan ng iba pang mga program (ibig sabihin, raxml, phyml o
mrbayes)

-mset m1,...,mk
Limitahan ang paghahanap sa mga modelo sa isang listahang pinaghihiwalay ng kuwit (hal -mset WAG,LG,JTT)

-msub pinagmulan
Limitahan ang paghahanap sa mga modelong AA na idinisenyo para sa mga partikular na mapagkukunan (ibig sabihin, nuclear,
mitochondrial, chloroplast o viral)

-mfreq f1,...,fk
Limitahan ang paghahanap sa paggamit ng isang listahan ng mga frequency ng estado (default na protina: -mfreq FU,F;
codon: -mfreq ,F1x4,F3x4,F)

-mrate r1,...,rk
Limitahan ang paghahanap sa paggamit ng isang listahan ng mga modelo ng rate-across-sites (hal -mrate
E,I,G,I+G,R)

-cmin
Min #categories para sa FreeRate na modelo [+R] (default: 2)

-cmax
Max #categories para sa FreeRate na modelo [+R] (default: 10)

???merit AIC|AICc|BIC
Optimality criterion na gagamitin (default: lahat)

-mtree Nagsasagawa ng buong paghahanap ng puno para sa bawat modelong isinasaalang-alang

-mredo Hindi pinapansin ang mga resulta ng modelo na nakalkula nang mas maaga (default: hindi)

-baliw mx1,...,mxk
Listahan ng mga pinaghalong modelo na dapat ding isaalang-alang

-mdef
Isang depinisyon ng modelong NEXUS file (tingnan ang Manwal)

SUBSTITUTION MODEL:
-m

DNA: HKY (default), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN/TrN, TNef,
TIM, TIMEf, TVM, TVMef, SYM, GTR, o 6-digit na detalye ng modelo (hal, 010010 =
HKY)

Protein: WAG (default), Poisson, cpREV, mtREV, Dayhoff, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, FLU, Blosum62

Pinaghalong protina: C10,...,C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
JTTCF4G

Binary: JC2 (default), GTR2

Empirical codon: KOSI07, SCHN05

Mechanistic codon: GY (default), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

Semi-empirical codon: XX_YY kung saan ang XX ay empirical at ang YY ay mechanistic na modelo

Morpolohiya/SNP: MK (default), ORDERED

Kung hindi: Pangalan ng file na naglalaman ng mga parameter ng user-model
(mga parameter ng rate at mga frequency ng estado)

-m +F o +FO o +FU o +FQ (default: auto)
binibilang, na-optimize, tinukoy ng gumagamit, pantay na dalas ng estado

-m +F1x4 o +F3x4
Mga frequency ng codon

-m +ASC
Ascertainment bias correction para sa morphological/SNP data

-m "MIX{m1,...mK}"
Modelo ng pinaghalong may mga sangkap na K

-m "FMIX{f1,...fK}"
Modelo ng pinaghalong dalas na may mga bahaging K

-mwopt I-on ang pag-optimize ng mga timpla ng timbang (default: wala)

NAPALIWANAG HETEROGENEITY:
-m +I o +G[n] o +I+G[n] o +R[n]
Invar, Gamma, Invar+Gamma, o FreeRate na modelo kung saan ang 'n' ay bilang ng mga kategorya
(default: n=4)

-a
Parameter ng hugis ng gamma para sa mga rate ng site (default: pagtatantya)

-gmedian
Ang ibig sabihin ng pag-compute para sa kategorya ng Gamma rate (default: mean)

--test-alpha
Mas masusing pagtatantya para sa mga parameter ng modelo ng +I+G

-i
Proporsyon ng hindi nagbabagong mga site (default: pagtatantya)

-mh Pag-compute ng mga rate na tukoy sa site sa .mhrate file gamit ang Meyer & von Haeseler (2003)
paraan

PAGSUBOK OF MODEL HOMOGENEITY:
-m PINAKAWHAT
Testing model (GTR+G) homogeneity assumption gamit ang Weiss & von Haeseler (2003)
paraan

-ns <#simulations>
#Simulations para makakuha ng null-distribution (default: 1000)

KONSENSUS RECONSTRUCTION:
-t
Set ng input tree para sa consensus reconstruction

-minsup
Min split na suporta sa hanay [0,1]; 0.5 para sa pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan (default: 0, ibig sabihin
pinahabang pinagkasunduan)

-bi
Tinatapon mga puno sa simula ng

-con Pag-compute ng consensus tree sa .contree file

-net Pag-compute ng consensus network sa .nex file

-sup
Pagtatalaga ng mga halaga ng suporta para sa sa .suptree

-suptag
Pangalan ng node (o LAHAT) para magtalaga ng mga tree ID kung saan nangyayari ang node

ROBINSON-FOULDS DISTANCE:
-rf_all
Pag-compute ng lahat-sa-lahat ng RF na mga distansya ng mga puno

-Rf
Kino-compute ang lahat ng distansya ng RF sa pagitan ng dalawang hanay ng mga punong nakaimbak at


-rf_adj
Pag-compute ng mga RF na distansya ng mga katabing puno sa loob

TINDI TOPOLOHIYA PAGSUSULIT:
-z
Pagsusuri ng isang hanay ng mga puno ng gumagamit

-zb <#replicates>
Nagsasagawa ng BP,KH,SH,ELW na mga pagsusuri para sa mga punong dumaan -z

-zw Gumagawa din ng weighted-KH at weighted-SH na mga pagsusulit

PAGBUBUO RANDOM MGA PUNO:
-r
Gumawa ng random na puno sa ilalim ng modelong Yule-Harding.

-tl
Gumawa ng random na puno sa ilalim ng Uniform model.

-rcat
Lumikha ng isang random na puno ng uod.

-rbal
Lumikha ng isang random na balanseng puno.

-rcsg
Lumikha ng random na circular split network.

-rlen
min, mean, at max na haba ng sangay ng mga random na puno.

PANGKALAHATANG:
-wt Isulat ang lokal na pinakamainam na mga puno sa .treels file

-blfix Ayusin ang mga haba ng sangay ng puno ng gumagamit na dumaan -tsaa

-blmin Min na haba ng sangay para sa pag-optimize (default 0.000001)

-blmax Max na haba ng sangay para sa pag-optimize (default 100)

-wsl Sumulat ng mga log-likelihood ng site sa .sitelh file

-wslr Sumulat ng mga log-likelihood ng site sa bawat kategorya ng rate

-wslm Sumulat ng site log-likelihood sa bawat mixture class

-wslmr Sumulat ng site log-likelihood sa bawat mixture+rate class

-fconst f1,...,fN
Magdagdag ng mga pare-parehong pattern sa pagkakahanay (N=#nstates)

Gamitin ang iqtree online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net