kissreads - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

kissreads - manual page para sa kissreads 1.2.6

DESCRIPTION

NAME kissReads, bersyon kissreads module 1.2.6 - Copyright INRIA - CeCILL License

SYNOPSIS kissreads/kissreads [
[
[-I] [-i index_stride] [-m align_file] [-s] [-f] [-h]

DESCRIPTION Sinusuri ang bawat sequence na nakapaloob sa toCheck.fasta kung ito ay nabasa
magkakaugnay (bawat posisyon ay sakop ng hindi bababa sa "min_coverage" na (mga) nabasa) na may mga nabasa mula sa
readsA.fasta o readsB.fasta Ang isang sequence mula sa toCheck ay itinuturing bilang sumusunod:

if (s coherent with at least one read set): i-output ang sequence gaya ng sumusunod

>orihinal na fasta comment|C1:min s

Sa A: min
coverage sa readsA.fasta < average na coverage sa readsA.fasta - R-squarred corrected
average sa readsA.fa < value ng posisyon na may pinakamataas na saklaw sa
readsA.fasta Ang saklaw ay ang bilang ng mga nabasa na perpektong nakamapang posisyon
Any other situation (s not coherent with any): couple non read coherent, not
na-output

Opsyon

-k size_seed: gagamit ng mga buto na may haba size_seed. Default: 25.

-O minimal_read_overlap: ang isang read ay maaaring imapa kung ang overlap nito ay hindi bababa sa
"minimal_read_overlap". Default: k

-c min_coverage: ang isang sequence ay sakop ng hindi bababa sa min_coverage na magkakaugnay na pagbabasa. Default: 2

-d max_substitutions: Pinakamataas na bilang ng mga pagpapalit na pinahintulutan sa pagitan ng isang read at a
fragment. Tandaan na walang pagpapalit na pinapayagan sa gitnang posisyon habang
sinusuri ang output ng kissnp. Default: 1.

-o file_name: magsulat ng read-coherent na mga output. Default: karaniwang output

-u file_name: sumulat ng mga hindi pa nababasang magkakaugnay na mga output. Default: karaniwang output

-n ang input file (toCheck.fasta) ay isang kissnp output (hindi tugma sa -I option)

sa kasong ito: 1/ tanging ang itaas na mga character ang isinasaalang-alang (walang pagmamapa na ginawa sa
extension) at 2/ ang sentral na posisyon (kung saan nangyayari ang SNP) ay mahigpit na nakamapa,
walang pagpapalit ang pinahihintulutan sa posisyong ito.

-I ang input file (toCheck.fasta) ay isang Intl output (hindi tugma sa -n option)

-i index_stride (int value). Ito ay isang heuristic para sa paglilimita sa memory footprint.
Sa halip na i-index ang bawat kmer ng mga sequence na nakapaloob sa toCheck.fasta,
ini-index ng kissreads ang mga kmer na nagaganap sa bawat posisyong "index_stride". Default = 1 (no
heuristic)

-t max na bilang ng mga thread (limitado rin ng bilang ng mga input file)

-m align_file, magsulat ng file ng mga reads na naka-map sa mga sequence sa file na align_file

-s tahimik na mode

-f naglalabas ng magkakaugnay na mga kaganapan sa isang karaniwang format ng fasta file

-h ini-print ang mensaheng ito at lumabas

Gumamit ng kissreads online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net