Ito ang command na kraken-build na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
kraken-build - pagtatalaga ng mga taxonomic na label sa maikling DNA sequence
SINOPSIS
kraken-build [gawain opsyon] [pagpipilian]
DESCRIPTION
Gawain pagpipilian (eksaktong isa dapat be napili):
--download-taxonomy
I-download ang NCBI taxonomic information
--download-library TYPE
Mag-download ng bahagyang library (TYPE = isa sa "bacteria", "plasmids", "virus", "human")
--idagdag-sa-library FILE
Magdagdag ng FILE sa library
--build
Lumikha ng DB mula sa library (nangangailangan ng taxonomy d/l'ed at hindi bababa sa isang file sa library)
--muling itayo
Lumikha ng DB mula sa library tulad ng --build, ngunit alisin ang mga umiiral nang hindi library/taxonomy file
bago magtayo
--malinis
Alisin ang mga hindi kailangan na file mula sa isang built database
--lumiit NEW_CT
Paliitin ang isang umiiral na DB upang magkaroon lamang ng NEW_CT k-mer
--pamantayan
Mag-download at lumikha ng default na database
--upgrade
I-upgrade ang isang umiiral nang mas lumang database upang gumamit ng scrambled minimizer na pag-order (tingnan ang README
para sa mga detalye)
- Tumulong I-print ang mensaheng ito
--bersyon
Impormasyon sa bersyon ng pag-print
Opsyon
--db NAME
Kraken DB/pangalan ng library (sapilitan maliban sa - Tumulong/--bersyon)
--mga thread #
Bilang ng mga thread (def: 1)
--bagong-db NAME
Bagong pangalan ng Kraken DB (paliitin ang gawain lamang; ipinag-uutos para sa pag-urong gawain)
--kmer-len NUM
K-mer na haba sa bp (build/shrink task lang; def: 31)
--minimizer-len NUM
Minimizer haba sa bp (bumuo/paliitin lang ang mga gawain; def: 15)
--dikya-hash-laki STR
Magpasa ng partikular na argumento sa laki ng hash sa dikya kapag nagtatayo ng database (bumuo ng gawain
lamang)
--max-db-size SIZE
Paliitin ang DB bago ang buong build, siguraduhin na ang database at index ay magkasamang gumagamit ng <=
SIZE gigabytes (gawain lang ang build)
--shrink-block-offset NUM
Kapag lumiliit, piliin ang k-mer na NUM na posisyon mula sa dulo ng isang bloke ng
k-mers (default: 1)
--trabaho-sa-disk
Magsagawa ng karamihan sa mga operasyon sa disk sa halip na sa RAM (ay magpapabagal sa pagbuo sa karamihan
kaso)
Gumamit ng kraken-build online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
