Ito ang command na macs2_cmbreps na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
macs2_cmbreps - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing
DESCRIPTION
paggamit: macs2 cmbreps [-h] -i IFILE [IFILE ...] [-m {fisher,max,mean}]
[--outdir OUTDIR] -o OFILE
opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
-i IFILE [IFILE ...]
Marka ng MACS sa bedGraph para sa bawat pagtitiklop. Nangangailangan ng eksaktong dalawang file tulad ng '-i A
B'. KAILANGAN
-m {fisher,max,mean}, --paraan {fisher,max,mean}
Paraan na gagamitin habang pinagsasama-sama ang mga marka mula sa mga replika. 1) mangingisda: Fisher's pinagsama
pagsubok sa posibilidad. Nangangailangan ito ng mga marka sa ppois form (-log10 pvalues) mula sa bdgcmp.
Ang iba pang mga uri ng mga marka para sa paraang ito ay maaaring magdulot ng mga hindi inaasahang error sa cmbreps. 2) max:
kunin ang maximum na halaga mula sa mga replika para sa bawat genomic na posisyon. 3) ibig sabihin: kunin ang
average na halaga. Tandaan, maliban sa pamamaraan ni Fisher, ang max o mean ay kukuha ng mga score AS IS
na nangangahulugan na hindi nila iko-convert ang mga marka mula sa log scale patungo sa linear scale o vice versa.
--labas OUTDIR
Kung tinukoy ang lahat ng mga output file ay isusulat sa direktoryo na iyon. Default: ang
kasalukuyang gumaganang direktoryo
-o OFILE, --ofile OFILE
I-output ang BEDGraph filename para sa pinagsamang mga marka.
Gumamit ng macs2_cmbreps online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
